Есть ли способ создать таблицу LaTeX из подходящего объекта модели lme4 mer?

Кто-нибудь знает способ создать LaTeX-таблицу хорошего качества публикации из объекта lme4 mer? Ни метод xtable (пакет xtable), ни метод latex (пакет Hmisc) не знают, как работать с mer объектами.

Например, при такой посадке:

library(lme4)    
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)

Есть ли какие-либо варианты создания красивой таблицы LaTeX оценок коэффициентов как для фиксированных, так и для случайных эффектов?

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Поскольку это несколько скрыто в обсуждениях ниже, обратите внимание, что вики сообщества находится в разработке для таблиц R LaTeX: Инструменты для создания латексных таблиц в R


r lme4 latex
person Ryan    schedule 28.03.2011    source источник
comment
xtable может принимать в качестве входных данных матрицы и фреймы данных. Почему бы вам просто не извлечь интересующие вас количества из модели и передать их в xtable в виде матрицы? Или попробуйте apsrtable. У него хорошая система расширения, которая позволяет легко добавлять новые модели.   -  person Vincent    schedule 28.03.2011
comment
@ Винсент, я обычно этим и занимаюсь, и если я делаю это неоднократно, я пишу функцию.   -  person richiemorrisroe    schedule 28.03.2011
comment
Инструменты в вики, безусловно, работают для фиксированных эффектов, но не для случайных эффектов. Ищу ответ на OP по последнему.   -  person bshor    schedule 18.07.2014
comment
Для таблиц HTML и графики проверьте sjPlot.   -  person radek    schedule 12.06.2015
comment
Вы пробовали пакет stargazer?   -  person RobertMyles    schedule 21.05.2017

Ответы (3)


arrow_upward
10
arrow_downward

Вот сообщение в блоге, которое кажется адаптированным для этой ситуации Latex Таблицы для моделей lme4

person Ramnath    schedule 28.03.2011
comment
+1 спасибо за ссылку. Сам занимался переписыванием, но, видимо, это уже сделано. - person Joris Meys; 28.03.2011
comment
@ Джорис. Есть много отличного кода на латексных таблицах для разных моделей, но я думаю, что они широко распространены. Я думал разместить вики сообщества, чтобы собрать все источники в одном месте, но не думаю, что у меня есть необходимые очки репутации для этого. Как вы думаете, это вас заинтересует? - person Ramnath; 28.03.2011
comment
@Joris, пожалуйста, создайте вики сообщества, таблицы LaTeX действительно необходимы. - person aL3xa; 28.03.2011
comment
@ aL3xa: Я сделал здесь вики сообщества: stackoverflow.com/questions/5465314/ Это еще не вики, но он помечен, поэтому модератор должен преобразовать его в вики. Для этого мне нужно 10000 повторений, так что мне не хватает 320 ... - person Joris Meys; 29.03.2011
comment
Мы хотим создать здесь базу знаний, а не просто коллекцию ссылок. Ваш ответ был бы лучше, если бы вы могли извлечь суть связанной статьи в своем ответе. - person Paŭlo Ebermann; 07.10.2011
comment
Эта ссылка мертва. Любые замены? - person galliwuzz; 09.08.2018

arrow_upward
17
arrow_downward

Ответ может быть немного запоздалым, но, возможно, кому-то это покажется интересным:

library("texreg")
texreg(fm1)

Чтобы набрать несколько lme4 или других моделей рядом, используйте что-то вроде этого:

texreg(list(fm1, fm2))
person Philip Leifeld    schedule 13.01.2013

arrow_upward
6
arrow_downward

У меня может быть хакерское решение. Я хотел то же самое, а именно таблицу коэффициентов из соответствия модели glmer (оценки, значения SE, z и p). Поиск нужной части итогового вывода и передача ее в xtable, похоже, помогли. Приносим извинения за то, что не предоставили воспроизводимый код и данные, но из вашего исходного примера:

fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
xtable(summary(fm1)@coef)

Должна предоставить вам таблицу коэффициентов, SE и т. Д. Обратите внимание, что она дает только значения, а не дополнительную нарядку значимых звезд и т. Д.

person Scott    schedule 06.10.2011
comment
coef(summary(fm1)) лучше, чем summary(fm1)@coef - он должен работать в любой версии lme4 - person Ben Bolker; 13.09.2013