сворачивание общего текста в R bookdown

Идея такая же, как и в другом ответе. Вам просто нужно сделать складываемые абзацы идентифицируемыми, обернув их элементом div. Возьмите следующую ИМО:

---
title: "Hide Verbatim Blocks"
author: "Martin Schmelzer"
date: "June 22, 2018"
output: 
  bookdown::html_document2
---

<style>
.fold-btn { 
  float: right; 
  margin: 5px 5px 0 0;
}
.fold { 
  border: 1px solid black;
  min-height: 40px;
}
</style>

<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
  $folds = $(".fold");
  $folds.wrapInner("<div class=\"fold-blck\">"); // wrap a div container around content
  $folds.prepend("<button class=\"fold-btn\">Unfold</button>");  // add a button
  $(".fold-blck").toggle();  // fold all blocks
  $(".fold-btn").on("click", function() {  // add onClick event
    $(this).text($(this).text() === "Fold" ? "Unfold" : "Fold");  // if the text equals "Fold", change it to "Unfold"or else to "Fold" 
    $(this).next(".fold-blck").toggle("linear");  // "swing" is the default easing function. This can be further customized in its speed or the overall animation itself.
  })
});
</script>

# Rmd file


<div class="fold">
Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.   

Duis autem vel eum iriure dolor in hendrerit in vulputate velit esse molestie consequat, vel illum dolore eu feugiat nulla facilisis at vero eros et accumsan et iusto odio dignissim qui blandit praesent luptatum zzril delenit augue duis dolore te feugait nulla facilisi. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit, sed diam nonummy nibh euismod tincidunt ut laoreet dolore magna aliquam erat volutpat.   

Ut wisi enim ad minim veniam, quis nostrud exerci tation ullamcorper suscipit lobortis nisl ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis autem vel eum iriure dolor in hendrerit in vulputate velit esse molestie consequat, vel illum dolore eu feugiat nulla facilisis at vero eros et accumsan et iusto odio dignissim qui blandit praesent luptatum zzril delenit augue duis dolore te feugait nulla facilisi.   

Nam liber tempor cum soluta nobis eleifend option congue nihil imperdiet doming id quod mazim placerat facer possim assum. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetuer adipiscing elit, sed diam nonummy nibh euismod tincidunt ut laoreet dolore magna aliquam erat volutpat. Ut wisi enim ad minim veniam, quis nostrud exerci tation ullamcorper suscipit lobortis nisl ut aliquip ex ea commodo consequat.   

Duis autem vel eum iriure dolor in hendrerit in vulputate velit esse molestie consequat, vel illum dolore eu feugiat nulla facilisis.   

At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur
</div>

Как видите, мы обернули div контейнер с классом .fold вокруг текста. Комментарии рядом с фрагментом JS должны прояснить, что там происходит. Для дальнейшей стилизации вы можете добавлять и изменять CSS по своему усмотрению.