Как читать из файла и хранить информацию в связанном списке (Java)?

Ваш код пытается найти элемент на следующей строке, прежде чем условие цикла while сможет подтвердить, что строка существует. Если файл содержит 4 столбца данных в строке, вы не должны вызывать sc1.next() более 4 раз в одном цикле, чтобы избежать NoSuchElementException.

Перемещение последнего вызова sc1.next() из конца цикла while в начало блока else должно решить проблему.

while(sc1.hasNext())
{
    // First case where the list is empty
    if (cl1.getSize() == 0)
    {
        S = sc1.next();
        serialNum = Long.parseLong(S);
        S = sc1.next();
        brand = S;
        S = sc1.next();
        price = Double.parseDouble(S);
        S = sc1.next();
        year = Integer.parseInt(S);

        CellPhone c1 = new CellPhone(serialNum, brand, year, price);
        cl1.addToStart(c1);
    }
    else
    {
        S = sc1.next();
        serialNum = Long.parseLong(S);
        S = sc1.next();
        brand = S;
        S = sc1.next();
        price = Double.parseDouble(S);
        S = sc1.next();
        year = Integer.parseInt(S);

        if (!(cl1.contains(serialNum)))
        {
            CellPhone c2 = new CellPhone(serialNum, brand, year, price);
            cl1.addToStart(c2);
        }
    }
} 

Вы можете просто посмотреть на это, чтобы избежать дубликатов.

Объявить CellPhone следующим образом

public class CellPhone {

    private Long serialNumber;
    private String brand;
    private Integer year;
    private Double price;

    CellPhone(Long serialNumber, String brand, int year, double price) {
        this.serialNumber = serialNumber;
        this.brand = brand;
        this.year = year;
        this.price = price;
    }

    public Long getSerialNumber() {
        return serialNumber;
    }

    public void setSerialNumber(Long serialNumber) {
        this.serialNumber = serialNumber;
    }

    public String getBrand() {
        return brand;
    }

    public void setBrand(String brand) {
        this.brand = brand;
    }

    public Integer getYear() {
        return year;
    }

    public void setYear(Integer year) {
        this.year = year;
    }

    public Double getPrice() {
        return price;
    }

    public void setPrice(Double price) {
        this.price = price;
    }

    @Override
    public int hashCode() {
        return serialNumber.hashCode();
    }

    @Override
    public boolean equals(Object obj) {
        if (!(obj instanceof CellPhone))
            return false;

        CellPhone mdc = (CellPhone) obj;
        return mdc.serialNumber.equals(serialNumber);
    }
}

И тогда ваш класс нужно изменить так

public class ListPractice {


    public static void main(String[] args) throws IOException {
        //Creating BufferedReader object to read the input text file
        Scanner scanner = new Scanner(new File("E:\\Projects\\JavaBasics\\src\\data.txt"));
        LinkedList<CellPhone> cellPhones = new LinkedList<>();
        processFile(scanner, cellPhones);

        Iterator i = cellPhones.iterator();
        while (i.hasNext()) {
            CellPhone phone = (CellPhone) i.next();
            System.out.println(phone.getSerialNumber());
        }
    }

    public static void processFile(Scanner sc1, LinkedList<CellPhone> cl1) {
        String S = null;

        while (sc1.hasNext()) {

            S = sc1.next();
            Long serialNum = Long.parseLong(S.trim());
            S = sc1.next();
            String brand = S.trim();
            S = sc1.next();
            double price = Double.parseDouble(S.trim());
            S = sc1.next();
            int year = Integer.parseInt(S.trim());

            CellPhone c1 = new CellPhone(serialNum, brand, year, price);
            if (!cl1.contains(c1))
                cl1.add(c1);
           // else System.out.println("Duplicate data");
        }
    }

}

Эта проблема связана с тем, что в конце, пока вы делаете sc1.next(), но читать нечего, это происходит в конце цикла, поэтому вы можете добавить if для решения вашей проблемы.

  public static void processFile(Scanner sc1, CellList cl1) {
        String S = null;

        while(sc1.hasNext())
        {
            // First case where the list is empty
            if (cl1.getSize() == 0)
            {
                S = sc1.next();
                serialNum = Long.parseLong(S);
                S = sc1.next();
                brand = S;
                S = sc1.next();
                price = Double.parseDouble(S);
                S = sc1.next();
                year = Integer.parseInt(S);

                CellPhone c1 = new CellPhone(serialNum, brand, year, price);
                cl1.addToStart(c1);
            }
            else
            {
                serialNum = Long.parseLong(S);
                S = sc1.next();
                brand = S;
                S = sc1.next();
                price = Double.parseDouble(S);
                S = sc1.next();
                year = Integer.parseInt(S);

                if (!(cl1.contains(serialNum)))
                {
                    CellPhone c2 = new CellPhone(serialNum, brand, year, price);
                    cl1.addToStart(c2);
                }
            }
             if(sc1.hasNext()) { 
             S =sc1.next();
            }
        }
    }