Для достижения детерминированных результатов в Keras/Tensorflow необходимо (среди прочего) «деактивировать параллелизм», как указано в Keras doc:
# Force TensorFlow to use single thread.
# Multiple threads are a potential source of
# non-reproducible results.
# For further details, see: https://stackoverflow.com/questions/42022950/which-seeds-have-to-be-set-where-to-realize-100-reproducibility-of-training-res
session_conf = tf.ConfigProto(intra_op_parallelism_threads=1, inter_op_parallelism_threads=1)
Этот поток также утверждает, что (в комментариях):
You also need to remove parallelism from your computation because that is often non-deterministic
Что делает параллельные вычисления Tensorflow недетерминированными?
intra_op_parallelism_threads=1
не существует для графических процессоров) - person Phylliade   schedule 09.08.2018