Как установить пакет org.Hs.eg.db в R v3.5.1?

Я только что установил последнюю версию R 3.5.1 и попытался установить пакет «org.Hs.eg.db». Но я получаю эту ошибку, когда запускаю код:

> install.packages("org.Hs.eg.db")
Installing package into 'C:/Users/ashley/Documents/R/win-library/3.5'
(as 'lib' is unspecified)
Warning in install.packages :
  package 'org.Hs.eg.db' is not available (for R version 3.5.1)

Кто-нибудь знает, что с этим не так?

Мне удалось установить пакет «org.Hs.eg.db» в более старой версии R 3.5.0.

Большое спасибо.

Эшли.


r install.packages version bioconductor
person Ashley    schedule 14.07.2018    source источник
comment
Пробовали ли вы эти инструкции по установке? ?   -  person juzraai    schedule 14.07.2018
comment
@juzraai: Спасибо. Я попробовал установку, и она работает.   -  person Ashley    schedule 15.07.2018
comment
Пожалуйста! :) Я добавил его как ответ с дополнительной информацией.   -  person juzraai    schedule 15.07.2018

Ответы (2)


arrow_upward
3
arrow_downward

org.Hs.eg.db — это пакет Bioconductor, и из сообщения об ошибке кажется, что этот пакет не включен в репозиторий по умолчанию, в котором R выполняет поиск.

В руководстве по установке от Bioconductor сказано, что для установки пакетов следует использовать предоставленный ими скрипт:

Используйте скрипт biocLite.R для установки пакетов Bioconductor.

И руководство по установке пакета. точные команды, необходимые для установки пакета org.Hs.eg.db:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("org.Hs.eg.db")
person juzraai    schedule 14.07.2018
comment
BiocManager::install("org.Hs.eg.db") тоже работает - person banan3'14; 12.11.2019

arrow_upward
0
arrow_downward

Вы можете использовать следующую инструкцию:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

Используйте эту ссылку.

person amin    schedule 26.08.2020