Дополнительные запятые в конце строк вызывают ошибку с read.csv и read.table

Я пытаюсь прочитать этот файл .csv в R. Когда я использую read.csv , я либо получаю ошибки, связанные с row.names, либо имена столбцов смещены относительно исходных столбцов. Основываясь на этом сообщении, я считаю, что проблема связана с наличием дополнительной запятой в конце каждого линия. Чего я не могу найти в ответе на предыдущий вопрос, так это того, как избавиться от запятых в конце строки.

Моя работа заключается в следующем:

pmr <-read.csv("pubmed_result.csv", header = T, row.names = NULL)
colnames(pmr) <- c(colnames(pmr)[2:ncol(pmr)], "blank")
pmr <- pmr[1:ncol(pmr)-1]

Это обеспечивает желаемый результат, но кажется немного неэлегантным. Есть ли способ заставить read.csv или read.table игнорировать последнюю запятую? Или есть способ использовать gsub для исправления csv?


r read.csv read.table
person Josh    schedule 22.06.2018    source источник
comment
Вы можете попробовать использовать пакет fread из пакета data.table для чтения вашего файла?   -  person MichaelChirico    schedule 22.06.2018
comment
fread также читает данные, но имена смещаются на единицу. read_csv понимает это правильно.   -  person Harlan Nelson    schedule 22.06.2018

Ответы (1)


arrow_upward
4
arrow_downward

Вы правы в своей оценке, что конечный "," вызывает проблемы. Если быть точным, это тот факт, что у вас есть конечный "," в строках данных, но не в строке, где объявлены имена столбцов.

Если вы не хотите вручную исправлять проблему, как в приведенном выше коде, вы можете использовать readr::read_csv

library(tidyverse);
df <- read_csv("pubmed_result.csv");
df;
    ## A tibble: 375 x 11
#   Title   URL    Description  Details  ShortDetails Resource Type  Identifiers
#   <chr>   <chr>  <chr>        <chr>    <chr>        <chr>    <chr> <chr>
# 1 Myoedi… /pubm… Zhang Y, Lo… Physiol… Physiol Rev… PubMed   cita… PMID:29717…
# 2 Cullin… /pubm… Papizan JB,… J Biol … J Biol Chem… PubMed   cita… PMID:29653…
# 3 Fusoge… /pubm… Bi P, McAna… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29581…
# 4 Correc… /pubm… Long C, Li … Sci Adv… Sci Adv.  2… PubMed   cita… PMID:29404…
# 5 Single… /pubm… Amoasii L, … Sci Tra… Sci Transl … PubMed   cita… PMID:29187…
# 6 Requir… /pubm… Shi J, Bi P… Proc Na… Proc Natl A… PubMed   cita… PMID:29078…
# 7 Consid… /pubm… Carroll KJ,… Circ Re… Circ Res.  … PubMed   cita… PMID:29074…
# 8 ZNF281… /pubm… Zhou H, Mor… Genes D… Genes Dev. … PubMed   cita… PMID:28982…
# 9 Functi… /pubm… Kyrychenko … JCI Ins… JCI Insight… PubMed   cita… PMID:28931…
#10 Defici… /pubm… Papizan JB,… J Clin … J Clin Inve… PubMed   cita… PMID:28872…
## ... with 365 more rows, and 3 more variables: Db <chr>, EntrezUID <int>,
##   Properties <chr>

Это вызовет кучу предупреждений, которые происходят из-за отсутствующего/дополнительного завершающего «,», которые вы можете игнорировать в этом случае. Обратите внимание, что имена столбцов назначены правильно.

person Maurits Evers    schedule 22.06.2018
comment
tidyverse::read_csv работал отлично. Спасибо! К сожалению, у меня недостаточно доверия, чтобы проголосовать за ваш ответ. - person Josh; 22.06.2018
comment
@ Джош Отлично, рад, что это сработало. Вы можете закрыть вопрос, установив зеленую галочку рядом с ответом. Удачи в работе! - person Maurits Evers; 22.06.2018
comment
спасибо, я не мог понять, как пометить вопрос как ответ. - person Josh; 22.06.2018