RStudio не видит некоторые каталоги на кластере серверов

Работая в RStudio в кластере, файлы и каталоги в моем домашнем каталоге (который является рабочим каталогом) видны и доступны, но другой каталог (каталог проекта, хранилище большего размера, к которому у меня есть доступ для чтения/записи) не виден в панели навигации и не может быть установлен в качестве рабочего каталога.

Я сделал символическую ссылку на этот каталог в своей домашней папке, но RStudio не видит и эту папку.

Пространство домашнего каталога ограничено, поэтому я не могу просто перенести в него свои файлы данных. Какие-либо предложения?

РЕДАКТИРОВАТЬ: Проблема была устранена. К сожалению, информация не особо информативна. ИТ-специалисты нашего кластера побеседовали с разработчиками RStudio, и им сказали, что сервер RStudio не следует каталогам, связанным с символическими ссылками, и это было конструктивным решением. R -vs- RStudio -vs- RStudio Server (веб-интерфейс) ведут себя немного по-разному, несмотря на то, что последние два продукта имеют одинаковую кодовую базу.


rstudio rstudio-server r cluster-computing
person Phil Gordon    schedule 22.05.2018    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я не знаю, как это правильно сделать, но в качестве обходного пути вы можете использовать в консоли R:

setwd("<directory>")

Затем щелкните маленькую стрелку рядом с именем папки на панели Console.

введите здесь описание изображения

или используйте More -> Go To Working directory на панели Files.

person Ralf Stubner    schedule 22.05.2018
comment
Я ценю ответ. Проблема в том, что у меня есть каталог, который, как я знаю, существует, и я могу перейти к нему в браузере или командной строке, но который R не распознает, поэтому я не могу установить его в качестве рабочего каталога. Я пытаюсь выяснить, почему R не видит каталог. Я пробовал это в RStudio и R из строки cmd. - person Phil Gordon; 22.05.2018
comment
@PhilGordon Интересно. Вы получаете сообщение об ошибке при использовании setwd с этим каталогом? - person Ralf Stubner; 22.05.2018
comment
да, ошибка: Ошибка в файле (файл, «rt»): невозможно открыть соединение. Кроме того: Предупреждающее сообщение: В файле (файл, «rt»): невозможно открыть файл '/cluster/folder/2799_Simple.csv' : Нет такого файла или каталога, это происходит из-за попытки открыть файл, а также при попытке установить папку в папку говорит, что каталог не существует. - person Phil Gordon; 23.05.2018
comment
@ФилГордон Хорошо. Из вашего редактирования я вижу, что это ожидаемое поведение, когда ссылки не работают. Работает ли мой трюк, когда вы используете фактический каталог вместо ссылки? - person Ralf Stubner; 23.05.2018
comment
Первоначально этого не было, хотя наши ИТ-специалисты в кластере, должно быть, что-то изменили в каталогах (они почему-то не хотят мне говорить, что именно), что теперь позволяет Rstudio просматривать папки, а setwd работает в консоли. Еще раз спасибо за ответы и интерес! Прошу прощения, что не могу дать более удовлетворительного объяснения. - person Phil Gordon; 24.05.2018