Как можно проанализировать черту, если у меня есть данные для нескольких людей на каждой вершине моего филогенетического древа?

Я новичок в филогенетическом анализе и использую библиотеку ape для анализа нейроанатомических признаков 34 приматов 28 различных видов. Я использовал 10 деревьев, чтобы получить согласованное филогенетическое дерево (с 28 подсказками). Однако я не могу объединить фенотипы и дерево, потому что количество наблюдений не совпадает с количеством подсказок. Следует ли использовать политомию для разделения подсказки на несколько тем?

Это мой код на данный момент:

tree <- read.nexus("10ktree.nex")
pheno <- read.csv("pheno.csv")
BrainVolume <- pheno$BrainVolume
names(BrainVolume) <- pheno$GenBank.Name
pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)

И я получаю следующую ошибку:

Error in pic(BrainVolume, tree) : 
  length of phenotypic and of phylogenetic data do not match

Спасибо за помощь!


r phylogeny ape-phylo
person roberto    schedule 12.05.2018    source источник
comment
Глава 6.1.10 Внутривидовая изменчивость во 2-м издании (2012 г.) книги Эммануэля Паради «Анализ филогенетики и эволюции с R» содержит информацию именно по этому вопросу.   -  person roberto    schedule 12.05.2018
comment
Стандартный протокол в большинстве межвидовых анализов заключается в усреднении значений каждого вида таким образом, чтобы каждая точка представляла среднее значение всех данных образцов, чтобы избежать чрезмерного представительства видов, для которых, возможно, были отобраны более крупные образцы.   -  person user2352714    schedule 26.12.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Как я сказал в комментарии, глава 6.1.10 «Внутривидовая изменчивость» во 2-м издании (2012 г.) книги Эммануэля Паради «Анализ филогенетики и эволюции с помощью R» содержит информацию именно по этому вопросу. В этой главе обсуждается несколько методов. Это метод, основанный на Felsenstein (2008), который распространяет метод филогенетического контраста отдельного индивидуума на вид на несколько индивидуумов.

Единственная особь для каждого вида, называемая рисунком, равна pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree), где BrainVolume - вектор. Для подхода с несколькими индивидуумами BrainVolume должен быть списком, в котором некоторые записи могут иметь вектор, представляющий значения нескольких особей одного и того же вида. Я создал "сгруппированную" версию своего исходного pheno файла, используя

grouped<-split(pheno,pheno$GenBank.Name)

Затем lapply, чтобы составить список для фенотипа BrainVolume:

BrainVolume<-lapply(grouped,"[[","BrainVolume")

И, наконец, используйте функцию pic.ortho, реализующую метод Фельзенштейна:

pic.SA<-pic.ortho(SA,tree,intra=TRUE)

Полученные контрасты можно использовать так же, как с исходной командой pic.

Ссылка

Фельзенштейн Дж. (2008) «Сравнительные методы с ошибкой выборки и внутривидовыми вариациями: пересмотренные и пересмотренные контрасты» American Naturalist 171: 713-725

person roberto    schedule 12.05.2018