задание не может быть отправлено в файл sge

Я хочу отправить задание sge через файл sge.

Например, у меня есть файл run.sge следующим образом:

## SGE options
#$ -cwd
#$ -l mem_free=2G
##$ -q [email protected]
#$ -pe mpich 4
#$ -S /bin/bash

SCRATCH_DIR=/state/partition1/$USER-$JOB_ID
mkdir $SCRATCH_DIR

qsub run_inp.sge

rmdir $SCRATCH_DIR

И файл run_inp.sge следующим образом:

## SGE options
#$ -cwd
#$ -l mem_free=2G
##$ -q [email protected]
#$ -pe mpich 4
#$ -S /bin/bash

INPUTFILE="main.inp"
JOB="main"

SCRATCH_DIR=/state/partition1/$USER-$JOB_ID
mkdir $SCRATCH_DIR

/share/apps/simula/Commands/abaqus double inp=$INPUTFILE scratch=$SCRATCH_DIR job=$JOB mp_mode=mpi interactive

rmdir $SCRATCH_DIR

Всякий раз, когда я отправляю работу через

qsub run.sge

Я получил эту ошибку:

Unable to run job: denied: host "compute-2-9.local" is no submit host.
Exiting.

Но если я отправляю run_inp.sge напрямую, все работает нормально:

qsub run_inp.sge

Мой вопрос в том, что я могу отправлять задания sge внутри задания sge? Если нет, есть ли альтернативный способ сделать это?


server linux cluster-computing sungridengine
person Tom    schedule 19.04.2018    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Обычный подход заключается в отправке всех заданий с одного хоста, где вы входите в систему, отправляете свои задания и проверяете статус задания. Отправленные задания планируется выполнять на вычислительных узлах в кластере. Если у вас есть несколько заданий и зависимости между заданиями, вы можете объявить зависимости планировщику заданий. Например, вы можете указать планировщику дождаться завершения задания А, прежде чем запускать задание Б.

person Steve    schedule 20.04.2018

arrow_upward
1
arrow_downward

Узел, на который отправляется первое задание (run.sge), compute-2-9.local, также должен быть узлом отправки, поскольку вы снова вызываете qsub в run_inp.sge. Команда qsub разрешена только на узле отправки. В настоящее время compute-2-9.local является только исполнительным узлом, отсюда и ошибка. Однако, как упоминает @Steve, для этого лучше использовать зависимости работы, если только вы не пытаетесь «запустить» SGE!

person Vince    schedule 20.04.2018