Я использую пакет ape в R для создания филогенетических деревьев. Я хотел бы распечатать сгенерированное дерево в формате png, чтобы можно было передать изображение на веб-сайт. Кажется, я не могу найти команды для распечатки сгенерированного дерева (если это возможно). Некоторые советы / идеи будут оценены.
пакет ape - распечатать сгенерированное дерево
Ответы (1)
Похоже, вы ищете метод построения для деревьев (объектов класса "phylo"), например:
library(ape)
tt <- rcoal(10)
png("phylo1.png")
plot(tt)
dev.off()
?plot.phylo дает информацию о многих-многих вариантах настройки сюжета.
Есть больше возможностей для построения графиков, например из виньетки для пакета филограмм:
Деревья качества публикации могут быть сгенерированы из объектов дендрограммы с помощью функции построения статистики plot.dendrogram и обширных функций построения графиков, доступных в пакетах, улучшающих дендрограммы, таких как circlize (Z. Gu et al. 2014) и dendextend (Galili 2015). Последний также предлагает возможность конвертировать дендрограммы в объекты «ggdend», для которых многие мощные функции построения «грамматики графики» доступны в пакетах ggplot2 (Wickham 2009) и ggdendro (DeVries and Ripley 2016). Более того, в пакете ape (E. Paradis, Claude, and Strimmer 2004) есть несколько расширенных опций построения графиков для «phylo» объектов, которые доступны для объектов дендрограммы здесь через функции импорта / экспорта Newick read.dendrogram и write.dendrogram. ..
person
Ben Bolker
schedule
09.04.2018
