странные слова появляются при извлечении арабского текста из pdf (PdfToText)

Английские буквы являются частью основного набора символов ASCII, поэтому вывод обычно без проблем, однако любые другие языки используют разные акценты или даже разные буквы, т.е. Арабский, азбука, греческий и др. используют буквы из основного набора.

Убедитесь, что все три источника используют одинаковую кодировку:

1. все сценарии PHP, генерирующие вывод
2. метатег кодирования HTML
3. выходной файл тоже

объявление 1
Проверьте, как ваш редактор сохраняет скрипты PHP в файловой системе. Способ его настройки отличается от каждого редактора.

объявление 2 Используйте метатег HTML <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

объявление 3 определяет кодировку для использования UTF-8, например: pdftotext -enc UTF-8 your.pdf. Согласно документации класс PdfToText генерирует текст в кодировке UTF8.