модуль ete3 на python3 - не может импортировать TreeStyle, Faces, AttrFace, NodeStyle

Я пользователь Linux, и до сих пор я успешно использовал ete3 в python2.

Я установил ete3 для python3, и есть определенные модули, которые python3 не может найти. Я считаю, что все зависимости установлены в соответствии с инструкциями.

Я могу импортировать ete3 и Tree из ete3, но не любой другой, который я использовал до сих пор.

Любые подсказки о том, как решить эту проблему?

~$ python3
Python 3.4.3 (default, Nov 28 2017, 16:41:13)
[GCC 4.8.4] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import ete3
>>> from ete3 import Tree
>>> from ete3 import TreeStyle
Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: cannot import name 'TreeStyle'
>>> from ete3 import faces
Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: cannot import name 'faces'
>>> from ete3 import AttrFace
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: cannot import name 'AttrFace'
>>> from ete3 import NodeStyle
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: cannot import name 'NodeStyle'

python-3.x python etetoolkit ete3
person aLbAc    schedule 09.03.2018    source источник
comment
Возможно, вы столкнулись с этой проблемой: github.com/etetoolkit/ete/issues/315.   -  person BoboDarph    schedule 09.03.2018
comment
Кроме того: тот факт, что ваша строка версии Python не имеет наездника, такого как Continuum Analytics, Inc., или не упакована conda-forge, или что-то еще, создает впечатление, что вы не используете рекомендуемый подход к установке conda. Одним из преимуществ этого является то, что зависимости разрешаются автоматически.   -  person DSM    schedule 09.03.2018

Ответы (1)


arrow_upward
-1
arrow_downward

Мне удалось установить зависимости. Проблема заключалась в том, что ete3 неправильно сообщает об отсутствующих зависимостях.

Вы можете увидеть, какие зависимости отсутствуют в этом коде:

import ete3
ete3.__file__

Я запускаю его несколько раз и каждый раз устанавливаю пакеты, на которые жаловались, пока он, наконец, не заработал!

person aLbAc    schedule 19.12.2018