Как создать выпуклую оболочку всех двоичных пятен в ImageJ

С OpenCV вы можете использовать findContours (), а затем convxHull ()

Вы можете увидеть полный пример здесь: https://docs.opencv.org/2.4/doc/tutorials/imgproc/shapedescriptors/hull/hull.html

OpenCV - это библиотека, а это значит, что вы должны сами кодировать программу. Он имеет привязки для Java, python и многих других языков. Вы можете легко найти тот же пример на других языках:

Выпуклый корпус в Java Android Opencv 2.3

Если у вас есть 8-битное (двоичное) изображение в ImageJ, вы можете запустить следующий скрипт Groovy из редактора скриптов, чтобы получить выпуклую оболочку как текущий выбор:

#@ ImagePlus imp

import ij.gui.PolygonRoi
import ij.gui.Roi
import ij.plugin.filter.ThresholdToSelection
import ij.process.ImageProcessor

imp.getProcessor().setThreshold(128,255,ImageProcessor.NO_LUT_UPDATE)
roi = ThresholdToSelection.run(imp)
proi = new PolygonRoi(roi.getContainedFloatPoints(), Roi.POLYGON)
chRoi = new PolygonRoi(proi.getConvexHull(), Roi.POLYGON)
imp.setRoi(chRoi)

Обратите внимание, что в целом этот тип вопросов может считаться здесь не по теме, и его лучше задавать на форуме ImageJ, где вы получите советы экспертов по обработке изображений.

Edit-Selection-make selection, затем ConvexHull