Я использовал функцию tidy() пакета broom в R для печати сводок по моей модели.
Однако функция tidy() возвращает p-значения без звездочек, что делает ее немного странной для многих людей, привыкших видеть звездочки в сводках моделей.
Кто-нибудь знает способ добавить звезды к выходу?
Для этого мы можем использовать удобную функцию stars.pval из gtools
library(gtools)
library(broom)
library(dplyr)
data(mtcars)
mtcars %>%
lm(mpg ~ wt + qsec, .) %>%
tidy %>%
mutate(signif = stars.pval(p.value))
# term estimate std.error statistic p.value signif
#1 (Intercept) 19.746223 5.2520617 3.759709 7.650466e-04 ***
#2 wt -5.047982 0.4839974 -10.429771 2.518948e-11 ***
#3 qsec 0.929198 0.2650173 3.506179 1.499883e-03 **
На самом деле это не цель tidy. Он используется для создания аккуратных фреймов данных из различных объектов, а не для предоставления дополнительных показателей об этих объектах.
Вы всегда можете написать функцию для создания звезд на основе p-значений и добавить столбец во фрейм данных, созданный с использованием tidy. Например:
make_stars <- function(pval) {
stars = ""
if(pval <= 0.001)
stars = "***"
if(pval > 0.001 & pval <= 0.01)
stars = "**"
if(pval > 0.01 & pval <= 0.05)
stars = "*"
if(pval > 0.05 & pval <= 0.1)
stars = "."
stars
}
Затем что-то вроде:
library(broom)
library(dplyr)
mtcars %>%
lm(mpg ~ wt + qsec, .) %>%
tidy() %>%
mutate(signif = sapply(p.value, function(x) make_stars(x)))
term estimate std.error statistic p.value signif
1 (Intercept) 19.746223 5.2520617 3.759709 7.650466e-04 ***
2 wt -5.047982 0.4839974 -10.429771 2.518948e-11 ***
3 qsec 0.929198 0.2650173 3.506179 1.499883e-03 **
На этот вопрос уже был дан ответ, но я просто хотел указать на этот еще один вариант, который является более гибким, чем gtools::stars.pval, упомянутый выше, потому что он возвращает кадр данных или вектор в зависимости от того, что вы решите ввести.
# loading the necessary library
library(broom)
library(dplyr)
library(groupedstats)
# using the function
df <- mtcars %>%
stats::lm(mpg ~ wt + qsec, .) %>%
broom::tidy(.) %>%
groupedstats::signif_column(data = ., p = p.value)
df
#> # A tibble: 3 x 6
#> term estimate std.error statistic p.value significance
#> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
#> 1 (Intercept) 19.7 5.25 3.76 7.65e- 4 ***
#> 2 wt -5.05 0.484 -10.4 2.52e-11 ***
#> 3 qsec 0.929 0.265 3.51 1.50e- 3 **
Создано 9 апреля 2020 г. с помощью пакета reprex (v0.3.0.9001)
Как используется функцией printCoefmat в R, вы также можете использовать функцию symnum из пакета stats (включенного в базу r):
pv <- c(0.00001, 0.002, 0.02, 0.06, 0.12, 0.99)
stars <- symnum(pv, corr = FALSE, na = FALSE,
cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
# fetch the stars only
as.character(stars)
#> [1] "***" "**" "*" "." " " " "
# fetch the legend description
attr(stars, "legend")
#> [1] "0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1"
Создано 10 сентября 2018 г. с помощью пакета reprex (v0.2.0).
Или, чтобы точно ответить на ваш вопрос, вы можете использовать его так
library(dplyr)
pv <- c(0.00001, 0.002, 0.02, 0.06, 0.12, 0.99)
star_function <- function(x) {
symnum(x, corr = FALSE, na = FALSE,
cutpoints = c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 0.1, 1),
symbols = c("***", "**", "*", ".", " "))
}
stars <- star_function(pv)
# fetch the stars only
as.character(stars)
#> [1] "***" "**" "*" "." " " " "
# fetch the legend description
attr(stars, "legend")
#> [1] "0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1"
mtcars %>%
stats::lm(mpg ~ wt + qsec, .) %>%
broom::tidy(.) %>%
mutate(sign = as.character(star_function(p.value)))
#> # A tibble: 3 x 6
#> term estimate std.error statistic p.value sign
#> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
#> 1 (Intercept) 19.7 5.25 3.76 7.65e- 4 ***
#> 2 wt -5.05 0.484 -10.4 2.52e-11 ***
#> 3 qsec 0.929 0.265 3.51 1.50e- 3 **
Создано 10 сентября 2018 г. с помощью пакета reprex (v0.2.0).
