Использование tidytext и broom, но не найти более аккуратного для LDA_VEM

Удаление .Rhistory и .RData привело к правильному поведению.

Вау, это очень загадочно для меня. Я не могу воспроизвести эту ошибку. Я установил все те же версии / и т. Д., Что и вы, за исключением того, что я на MacOS, а не на Windows. У меня есть тесты для tidiers LDA, которые работают и передайте Windows на Appveyor, поэтому я ожидаю, что это сработает.

Код, который у вас есть, должен работать без загрузки broom, чего бы это ни стоило.

library(tidyverse)
library(tidytext)
library(topicmodels)

year_word_counts <- tibble(year = c("2007", "2008", "2009"),
                           word = c("dog", "cat", "chicken"),
                           n = c(1753L, 1157L, 1057L))

animal_dtm <- cast_dtm(data = year_word_counts, document = year, term = word, value = n)

animal_lda <- LDA(animal_dtm, k = 5, control = list( seed = 1234))

class(animal_lda)
#> [1] "LDA_VEM"
#> attr(,"package")
#> [1] "topicmodels"

tidy(animal_lda, matrix = "beta")
#> # A tibble: 15 x 3
#>    topic term                                                beta
#>    <int> <chr>                                              <dbl>
#>  1     1 dog     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  2     2 dog     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  3     3 dog     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  4     4 dog     1.00                                            
#>  5     5 dog     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  6     1 cat     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  7     2 cat     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  8     3 cat     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#>  9     4 cat     0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#> 10     5 cat     1.00                                            
#> 11     1 chicken 0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#> 12     2 chicken 0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#> 13     3 chicken 1.00                                            
#> 14     4 chicken 0.0000000000000000000000000000000000000000000372
#> 15     5 chicken 0.0000000000000000000000000000000000000000000372

Создано 14 февраля 2018 г. с помощью пакета reprex (v0.2.0).

Что произойдет, если вы также загрузите library(methods)?

Добавление к очень полезному ответу Юлии Силге:

Я тоже считаю, что здесь виновато взаимодействие между загрузкой .Rdata и пакетом топиков. Но вы по-прежнему можете работать с сохраненным рабочим пространством:

Мне удалось устранить проблему, начав с нового перезапуска RStudio, загрузив пакет топиков и затем загрузив .Rdata. Выполняется в этой последовательности, сообщение об ошибке исчезает. Загрузка сначала данных, а потом пакета не работает.

Еще одно слово о рабочих пространствах: в случае с LDA их использование вместе с вашими сценариями RScript — это действительно единственный способ, который я смог найти для эффективной работы. В зависимости от параметров и размера корпуса подгонка LDA-модели может занять несколько часов. Крайне важно иметь возможность сохранить подгонку модели, чтобы затем проводить дальнейший анализ в будущем.

У меня была такая же проблема, когда я загрузил сохраненный LDA. Наконец, без видимых причин, когда я перезапустил сеанс R, я снова заработал.