Можно ли закодировать geom_text в gg_tree, чтобы расстояние от узлов не менялось?

Я выровнял некоторые аминокислотные последовательности в R и импортировал матрицу расстояний (dist_mat) для использования в ggtree, используя tree <- ape::nj(dist_mat). Это выглядит примерно так:

    node parent branch.length          x         y     label isTip      branch    angle
1     1     14   0.000000000 0.00000000  3.000000  GAS05134  TRUE 0.000000000  90.0000
2     2     13   0.000000000 0.00000000  2.000000  GAS12252  TRUE 0.000000000  60.0000
3     3     13   0.000000000 0.00000000  1.000000  GAS12271  TRUE 0.000000000  30.0000
4     4     15   0.004565217 0.02000000  4.000000  GAS06216  TRUE 0.017717391 120.0000
5     5     18   0.060110914 0.85012362  7.000000 GAS131472  TRUE 0.820068164 210.0000
6     6     19   0.000000000 0.84990179  8.000000  GAS13399  TRUE 0.849901793 240.0000
7     7     19   0.000000000 0.84990179  9.000000  GAS11282  TRUE 0.849901793 270.0000
8     8     21   0.000000000 0.92485325 11.000000  GAS03101  TRUE 0.924853253 330.0000
9     9     21   0.000000000 0.92485325 12.000000   GAS0354  TRUE 0.924853253 360.0000
10   10     20   0.000000000 0.92485325 10.000000  GAS09426  TRUE 0.924853253 300.0000
11   11     22   0.000000000 0.91032609  5.000000  14GA0305  TRUE 0.910326087 150.0000
12   12     22   0.000000000 0.91032609  6.000000  14GA0286  TRUE 0.910326087 180.0000
13   13     13   0.000000000 0.00000000  2.447917      <NA> FALSE 0.000000000  73.4375
14   14     13   0.000000000 0.00000000  4.343750      <NA> FALSE 0.000000000 130.3125
15   15     14   0.015434783 0.01543478  5.687500      <NA> FALSE 0.007717391 170.6250
16   16     15   0.454136361 0.46957114  7.375000      <NA> FALSE 0.242502963 221.2500
17   17     16   0.031992271 0.50156341  9.250000      <NA> FALSE 0.485567279 277.5000
18   18     17   0.288449292 0.79001271  7.750000      <NA> FALSE 0.645788061 232.5000
19   19     18   0.059889086 0.84990179  8.500000      <NA> FALSE 0.819957250 255.0000
20   20     17   0.423289838 0.92485325 10.750000      <NA> FALSE 0.713208334 322.5000
21   21     20   0.000000000 0.92485325 11.500000      <NA> FALSE 0.924853253 345.0000
22   22     16   0.440754944 0.91032609  5.500000      <NA> FALSE 0.689948615 165.0000

Базовое представление в gg_tree выглядит так:

> gg_tree <- ggtree(size=0.2,tree, layout = "circular", branch.length = "none") + geom_tiplab2(color='blue', size=3)

введите здесь описание изображения

Затем я добавляю некоторые данные, чтобы добавить эстетики из исходного фрейма данных:

> gg_tree <- gg_tree %<+% DF
> head(DF, 12)
# A tibble: 12 x 4
   id        emm      tee     `50aa_HVR_peptide`                                
   <chr>     <chr>    <chr>   <chr>                                             
 1 GAS05134  emm1.0   tee1    NGDGNPREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA
 2 GAS12252  emm1.0   tee1    NGDGNPREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA
 3 GAS12271  emm1.0   tee1    NGDGNPREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA
 4 GAS06216  emm1.19  tee1    NGDGNLREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA
 5 GAS131472 emm100.0 tee28.1 RVTTRSQAQDAAGLKEKADKYEVRNHELEHNNEKLKTENSDLKTENSKLT
 6 GAS13399  emm100.5 tee28.1 RVTTRSQAQDAAGLKEKADKYEVRNHELEHNNEKLKTENSKLTSEKEELT
 7 GAS11282  emm100.5 tee28.1 RVTTRSQAQDAAGLKEKADKYEVRNHELEHNNEKLKTENSKLTSEKEELT
 8 GAS03101  emm101.0 tee14.2 ADHPSYTAAKDEVLSKFSVPGHVWAHEREKNDKLSSENEGLKAGLQEKEQ
 9 GAS0354   emm101.0 tee14.2 ADHPSYTAAKDEVLSKFSVPGHVWAHEREKNDKLSSENEGLKAGLQEKEQ
10 GAS09426  emm101.0 tee14.2 ADHPSYTAAKDEVLSKFSVPGHVWAHEREKNDKLSSENEGLKAGLQEKEQ
11 14GA0305  emm103.0 tee8    DSPRDVTSDLTTSMWKKKAEEAEAKASKFEKQLEDYKKAQKDYYEIEEKL
12 14GA0286  emm103.0 tee8    DSPRDVTSDLTTSMWKKKAEEAEAKASKFEKQLEDYKKAQKDYYEIEEKL

Затем я хотел бы добавить информацию в столбец «тройник» в виде цветного текста вне дерева, моя попытка заключается в следующем:

> gg_tree + geom_text(size = 3,aes(angle=angle, color=tee, label=tee), hjust=-2)+
  theme(legend.position="right")

введите здесь описание изображения

Как вы можете видеть, я попытался использовать «hjust», чтобы слой «geom_text» не перекрывался со слоем «geom_tiplab2», но расстояние для каждого «тройника» текста до метки кончика кажется совершенно разным.

Может ли кто-нибудь предложить, как заставить текст «тройник» плавно перемещаться по внешней стороне дерева, следуя меткам кончиков? Примечание: это происходит и с прямоугольными деревьями, а не только с круглыми.

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.2

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] ggtree_1.10.2       treeio_1.2.1        ggplot2_2.2.1       readxl_1.0.0       
 [5] readr_1.1.1         DECIPHER_2.6.0      RSQLite_2.0         Biostrings_2.46.0  
 [9] XVector_0.18.0      IRanges_2.12.0      S4Vectors_0.16.0    BiocGenerics_0.24.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.14     pillar_1.0.1     compiler_3.4.3   cellranger_1.1.0 plyr_1.8.4      
 [6] tools_3.4.3      zlibbioc_1.24.0  digest_0.6.13    bit_1.1-12       jsonlite_1.5    
[11] memoise_1.1.0    tibble_1.4.1     gtable_0.2.0     nlme_3.1-131     lattice_0.20-35 
[16] pkgconfig_2.0.1  rlang_0.1.6      cli_1.0.0        rstudioapi_0.7   DBI_0.7         
[21] rvcheck_0.0.9    hms_0.4.0        bit64_0.9-7      grid_3.4.3       glue_1.2.0      
[26] R6_2.2.2         purrr_0.2.4      tidyr_0.7.2      blob_1.1.0       magrittr_1.5    
[31] scales_0.5.0     assertthat_0.2.0 colorspace_1.3-2 ape_5.0          labeling_0.3    
[36] utf8_1.1.3       lazyeval_0.2.1   munsell_0.4.3    crayon_1.3.4

r ggplot2 ggtree
person reubenmcg    schedule 10.01.2018    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

hjust и vjust не очень хорошо сочетаются с coord_polar один трюк, чтобы переместить geom_text метки от центра, слишком добавить значение к x координате:

library(ggtree)
gg_tree + geom_text(size = 3, aes(angle = angle,
                                  color = tee,
                                  label = tee,
                                  x = x + 0.4), hjust = 0)+
  theme(legend.position = "right")

введите здесь описание изображения

для установки gg_tree:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")

использованные данные:

> dput(DF)
structure(list(id = structure(c(5L, 9L, 10L, 6L, 11L, 12L, 8L, 
3L, 4L, 7L, 2L, 1L), .Label = c("14GA0286", "14GA0305", "GAS03101", 
"GAS0354", "GAS05134", "GAS06216", "GAS09426", "GAS11282", "GAS12252", 
"GAS12271", "GAS131472", "GAS13399"), class = "factor"), emm = structure(c(1L, 
1L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L), .Label = c("emm1.0", 
"emm1.19", "emm100.0", "emm100.5", "emm101.0", "emm103.0"), class = "factor"), 
    tee = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 
    4L, 4L), .Label = c("tee1", "tee14.2", "tee28.1", "tee8"), class = "factor"), 
    X.50aa_HVR_peptide. = structure(c(4L, 4L, 4L, 3L, 5L, 6L, 
    6L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L), .Label = c("ADHPSYTAAKDEVLSKFSVPGHVWAHEREKNDKLSSENEGLKAGLQEKEQ", 
    "DSPRDVTSDLTTSMWKKKAEEAEAKASKFEKQLEDYKKAQKDYYEIEEKL", "NGDGNLREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA", 
    "NGDGNPREVIEDLAANNPAIQNIRLRHENKDLKARLENAMEVAGRDFKRA", "RVTTRSQAQDAAGLKEKADKYEVRNHELEHNNEKLKTENSDLKTENSKLT", 
    "RVTTRSQAQDAAGLKEKADKYEVRNHELEHNNEKLKTENSKLTSEKEELT"), class = "factor")), .Names = c("id", 
"emm", "tee", "X.50aa_HVR_peptide."), class = "data.frame", row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12"))

> dput(tree)
structure(list(node = 1:22, parent = c(14L, 13L, 13L, 15L, 18L, 
19L, 19L, 21L, 21L, 20L, 22L, 22L, 13L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 
18L, 17L, 20L, 16L), branch.length = c(0, 0, 0, 0.004565217, 
0.060110914, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.015434783, 0.454136361, 
0.031992271, 0.288449292, 0.059889086, 0.423289838, 0, 0.440754944
), x = c(0, 0, 0, 0.02, 0.85012362, 0.84990179, 0.84990179, 0.92485325, 
0.92485325, 0.92485325, 0.91032609, 0.91032609, 0, 0, 0.01543478, 
0.46957114, 0.50156341, 0.79001271, 0.84990179, 0.92485325, 0.92485325, 
0.91032609), y = c(3, 2, 1, 4, 7, 8, 9, 11, 12, 10, 5, 6, 2.447917, 
4.34375, 5.6875, 7.375, 9.25, 7.75, 8.5, 10.75, 11.5, 5.5), label = structure(c(6L, 
10L, 11L, 7L, 12L, 13L, 9L, 4L, 5L, 8L, 3L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("<NA>", "14GA0286", "14GA0305", 
"GAS03101", "GAS0354", "GAS05134", "GAS06216", "GAS09426", "GAS11282", 
"GAS12252", "GAS12271", "GAS131472", "GAS13399"), class = "factor"), 
    isTip = c(TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, 
    TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, 
    FALSE, FALSE, FALSE, FALSE, FALSE), branch = c(0, 0, 0, 0.017717391, 
    0.820068164, 0.849901793, 0.849901793, 0.924853253, 0.924853253, 
    0.924853253, 0.910326087, 0.910326087, 0, 0, 0.007717391, 
    0.242502963, 0.485567279, 0.645788061, 0.81995725, 0.713208334, 
    0.924853253, 0.689948615), angle = c(90, 60, 30, 120, 210, 
    240, 270, 330, 360, 300, 150, 180, 73.4375, 130.3125, 170.625, 
    221.25, 277.5, 232.5, 255, 322.5, 345, 165)), .Names = c("node", 
"parent", "branch.length", "x", "y", "label", "isTip", "branch", 
"angle"), class = "data.frame", row.names = c("1", "2", "3", 
"4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", 
"16", "17", "18", "19", "20", "21", "22"))
person missuse    schedule 10.01.2018
comment
Это сработало отлично, но я не очень понимаю, как это сделать. Если мне придется воспроизвести позже в другом контексте, не могли бы вы более подробно объяснить, как это работает? Если нет, все равно спасибо, сработало заклинание. - person reubenmcg; 11.01.2018
comment
Последний быстрый вопрос (который в противном случае я могу опубликовать отдельно), если я затем добавлю дополнительный эстетический слой, например: gg_tree + geom_tippoint (alpha = 1, size = 0.7, aes (angle = angle, color = emm)) + theme (legend. position = right) Я могу добавить несколько цветных точек для представления типов emm, но он добавляет их все в одну цветовую палитру, что затрудняет различение цветов (он добавляет emm и tee к одной и той же цветовой шкале), вы, возможно, знаете, как Я могу попросить gg_tree использовать новые цветовые палитры для разных слоев? - person reubenmcg; 11.01.2018
comment
@reubenmcg Чтобы ответить на первый вопрос, нанесите несколько точек на ggplot2 и используйте coord_polar(). Затем поэкспериментируйте с координатами точки. Что касается второго вопроса, ggplot поддерживает только одну цветовую шкалу для каждого графика, можно искусственно добавить столько, сколько угодно, за пределами вызова aes - это отдельные слои, но для вашей цели я рекомендую использовать полые формы - формы из от 21 до 25 и с использованием эстетики заливки. Если я не понял, добавьте некоторые данные и объясните желаемый результат в OP. - person missuse; 11.01.2018