Логический индекс Lifelines в Python не соответствует индексированному массиву по измерению 0; размер равен 88, но соответствующий логический размер равен 76

Этот очень простой фрагмент кода,

# imports...
from lifelines import CoxPHFitter
import pandas as pd

src_file = "Pred.csv"

df = pd.read_csv(src_file, header=0, delimiter=',')
df = df.drop(columns=['score'])

cph = CoxPHFitter()
cph.fit(df, duration_col='Length', event_col='Status', show_progress=True)

выдает ошибку:

Отслеживание (последний вызов последним): файл «C: / Users /.../ predictor.py», строка 11, в cph.fit (df, duration_col = 'Length', event_col = 'Status', show_progress = True)

Файл "C: \ Users \ ... \ AppData \ Local \ conda \ conda \ envs \ hrpred \ lib \ site-packages \ lifelines \ fitters \ coxph_fitter.py", строка 298, соответствует self._check_values ​​(df)

Файл "C: \ Users \ ... \ AppData \ Local \ conda \ conda \ envs \ hrpred \ lib \ site-packages \ lifelines \ fitters \ coxph_fitter.py", строка 323, в _check_values ​​cols = str (list (X .columns [low_var]))

Файл "C: \ Users \ ... \ AppData \ Local \ conda \ conda \ envs \ hrpred \ lib \ site-packages \ pandas \ core \ indexes \ base.py", строка 1754, в _ _ getitem _ _

результат = getitem (ключ)

IndexError: логический индекс не соответствует индексированному массиву по измерению 0; размер равен 88, но соответствующий логический размер равен 76

Однако когда я печатаю сам df, все в порядке. Как видите, все внутри библиотеки. И примеры библиотеки работают нормально.


python pandas cox-regression cox lifelines
person slesher    schedule 03.01.2018    source источник
comment
Нам потребуются файлы, которые вы используете здесь, чтобы выяснить, что именно происходит не так. Не могли бы вы привести пример, в котором внешние файлы не используются?   -  person 1313e    schedule 03.01.2018
comment
К сожалению, я не могу предоставить файл, потому что он содержит конфиденциальную информацию. Но файл отлично обрабатывается с пандами, я могу печатать и нарезать данные. Корень проблемы в пандах или CoxPHFitter (спасательные круги)?   -  person slesher    schedule 12.01.2018
comment
Если не сами данные, можете ли вы предоставить следующую информацию: столбцы в фрейме данных, dtype каждого столбца и количество нулевых и ненулевых значений в каждом столбце. например df.columns, df[column1].dtype, sum(df[column1].isnull()) и sum(df[column1].notnull()) (для каждого столбца). Похоже, что индексы не выравниваются, что заставляет меня задаться вопросом о значениях null / NaN.   -  person TCAllen07    schedule 26.04.2018

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Не зная, как выглядят ваши данные - у меня была та же ошибка, которая была решена, когда я удалил все, кроме продолжительности, события и коэффициента (ов) из pandas df, которые я использовал. То есть у меня было много дополнительных столбцов в df, которые сбивали с толку установщика cox PH, поскольку вы фактически не указывали, какой коэффициент вы хотите включить в качестве аргумента в cph.fit ().

person La Pet    schedule 23.01.2018