ProROC по умолчанию DeLong или начальная загрузка

Я был бы признателен за совет о том, используется ли метод Делонга или бутстрапы 2000 в качестве метода кривой ROC по умолчанию. Я просмотрел руководство по pROC в формате pdf и не уверен, какой метод используется по умолчанию. В различных частях PDF-файла, особенно в разделах, касающихся доверительного интервала расчета AUC, по умолчанию упоминаются бутстрапы DeLong или 2000.

Код, который я использую, включает в себя следующее:

#generate ROC and Confidence intervals for this bootstrap/dose bin
roc2<-roc(SYNdata_b$Endpoint1,SYNdata_b[,i+2])
roc2_CI<-ci(roc2)

#Generate Youden and Closest to Left
rocY<-coords(roc2,"b",best.method="youden")
roctl<-coords(roc2,"b",best.method="closest.topleft")

Большое спасибо за любой совет здесь.


proc-r-package
person Anna Wilkins    schedule 31.10.2017    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы рассчитываете доверительный интервал AUC, поэтому используете ci.aucфункция. На странице документации указано:

По умолчанию используется метод «делонг», за исключением сравнения частичной AUC и сглаженных кривых, где используется бутстрап.

Вы не указали ни частичную спецификацию AUC, ни параметр сглаживания, поэтому будет использоваться метод Делонга.

Кроме того, вы можете посмотреть на вывод на консоли, который покажет используемый метод, например здесь DeLong:

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj)
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)

В случае сомнений и если метод имеет для вас значение, лучше указать метод явно:

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj, method = "delong")
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)
> ci(rocobj, method = "bootstrap", boot.n = 10000)
95% CI: 0.6296-0.8283 (10000 stratified bootstrap replicates)
person Calimo    schedule 31.10.2017