mxgraph бесконечные циклы при применении

Похоже, вы неправильно клонируете исходную функцию, попробуйте следующее:

Function.prototype.clone = function() {
    var that = this;
    return function theClone() {
        return that.apply(this, arguments);
    };
};

Добавьте этот новый метод где-нибудь в свой основной код, чтобы он был доступен во всем приложении, теперь вы можете изменить свой код на:

// Overridden to add an additional control to the state at creation time
let mxCellRendererCreateControl = mxCellRenderer.prototype.createControl.clone();
mxCellRenderer.prototype.createControl = function(state) {
    mxCellRendererCreateControl(state);

    var graph = state.view.graph;
    if (graph.getModel().isVertex(state.cell)) {
        if (state.deleteControl == null) {
            // ...
        }
    }
    // ...
};

Это должно работать, если я правильно понял вашу проблему, если это не так, измените старый вызов функции обратно на apply. В противном случае дайте мне знать, если после изменения прототипа Function произойдет что-то другое.

Кажется, что ваш переопределяющий код вызывается несколько раз (для проверки этого достаточно добавить простой console.log перед вашим переопределяющим кодом)

Постарайтесь убедиться, что код, переопределяющий функцию, вызывается только один раз, или проверьте, является ли функция-прототип оригинальной или вашей.

Вот пример того, как вы можете проверить, ваша функция или нет

if (!mxCellRenderer.prototype.createControl.isOverridenByMe) {
    let mxCellRendererCreateControl = mxCellRenderer.prototype.createControl;
    mxCellRenderer.prototype.createControl = function(state) { /* ... */ };
    mxCellRenderer.prototype.createControl.isOverridenByMe = true;
}

Есть и другие способы, например использование глобальной переменной для проверки того, переопределили ли вы метод или нет.

Если это не решит вашу проблему, пожалуйста, опубликуйте больше об остальной части вашего кода (как этот код загружается/вызывается, очень поможет)