Панды Python: как векторизовать эту функцию

У меня есть два DataFrames df и evol следующим образом (упрощено для примера):

In[6]: df
Out[6]:
   data  year_final  year_init
0    12        2023       2012
1    34        2034       2015
2     9        2019       2013
...

In[7]: evol
Out[7]: 
      evolution
year           
2000   1.474946
2001   1.473874
2002   1.079157
...
2037   1.463840
2038   1.980807
2039   1.726468

Я хотел бы выполнить следующую операцию векторизованным способом (текущая реализация цикла for слишком длинная, когда у меня есть ГБ данных):

for index, row in df.iterrows():
    for year in range(row['year_init'], row['year_final']):
        factor = evol.at[year, 'evolution']
        df.at[index, 'data'] += df.at[index, 'data'] * factor

Сложность возникает из-за того, что диапазон года не одинаков в каждой строке... В приведенном выше примере вывод будет таким:

        data  year_final  year_init
0     163673        2023       2012
1  594596046        2034       2015
2       1277        2019       2013

(полный фрейм данных evol для целей тестирования :)

      evolution
year           
2000   1.474946
2001   1.473874
2002   1.079157
2003   1.876762
2004   1.541348
2005   1.581923
2006   1.869508
2007   1.289033
2008   1.924791
2009   1.527834
2010   1.762448
2011   1.554491
2012   1.927348
2013   1.058588
2014   1.729124
2015   1.025824
2016   1.117728
2017   1.261009
2018   1.705705
2019   1.178354
2020   1.158688
2021   1.904780
2022   1.332230
2023   1.807508
2024   1.779713
2025   1.558423
2026   1.234135
2027   1.574954
2028   1.170016
2029   1.767164
2030   1.995633
2031   1.222417
2032   1.165851
2033   1.136498
2034   1.745103
2035   1.018893
2036   1.813705
2037   1.463840
2038   1.980807
2039   1.726468

person Prikers    schedule 18.09.2017    source источник
comment
Вы можете добавить образец вывода?   -  person Bharath    schedule 18.09.2017
comment
Я только что отредактировал вопрос   -  person Prikers    schedule 18.09.2017
comment
это действительно сложно векторизовать только из сообщества панд, поэтому добавлен тег numpy. нумба для скорости.   -  person Bharath    schedule 18.09.2017


Ответы (1)


Один из подходов к векторизации, использующий только pandas, заключается в декартовом соединении между двумя кадрами и подмножеством. Начал бы так:

df['dummy'] = 1
evol['dummy'] = 1
combined = df.merge(evol, on='dummy')
# filter date ranges, multiply etc

Это, вероятно, будет быстрее, чем то, что вы делаете, но память неэффективна и может взорваться на ваших реальных данных.

Если вы можете принять зависимость от numba, что-то вроде этого должно быть очень быстрым - по сути, скомпилированная версия того, что вы делаете сейчас. Нечто подобное было бы возможно и в cython. Обратите внимание, что для этого требуется, чтобы фрейм данных evol был отсортирован и непрерывен по годам, что может быть смягчено модификацией.

import numba

@numba.njit
def f(data, year_final, year_init, evol_year, evol_factor):
    data = data.copy()
    for i in range(len(data)):
        year_pos = np.searchsorted(evol_year, year_init[i])
        n_years = year_final[i] - year_init[i]
        for offset in range(n_years):
            data[i] += data[i] * evol_factor[year_pos + offset]            
    return data

f(df['data'].values, df['year_final'].values, df['year_init'].values, evol.index.values, evol['evolution'].values)
Out[24]: array([   163673, 594596044,      1277], dtype=int64)

Изменить: некоторые тайминги с вашими тестовыми данными

In [25]: %timeit f(df['data'].values, df['year_final'].values, df['year_init'].values, evol.index.values, evol['evolution'].values)
15.6 µs ± 338 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)


In [26]: %%time
    ...: for index, row in df.iterrows():
    ...:     for year in range(row['year_init'], row['year_final']):
    ...:         factor = evol.at[year, 'evolution']
    ...:         df.at[index, 'data'] += df.at[index, 'data'] * factor
Wall time: 3 ms
person chrisb    schedule 18.09.2017
comment
Не могли бы вы добавить тайминги, это очень помогло бы найти разницу. - person Bharath; 18.09.2017
comment
Действительно, кажется, что для этого случая гораздо лучше использовать numba! Спасибо за это, я не смог найти никакого эффективного способа векторизации этого иначе... - person Prikers; 19.09.2017