В описании метода uptimeMillis говорится:
Возвращает миллисекунды с момента загрузки, не считая времени, проведенного в глубоком сне. Примечание. Это значение может время от времени сбрасываться (до того, как оно будет циклически повторяться).
Как часто это может происходить и (что более важно) повлияет ли это на исполняемые модули, которые должны выполняться Handler.postAtTime?