Несколько осей y для гистограммы и линейного графика с использованием ggplot

У меня есть некоторые данные о транспирации из эксперимента, которые я хотел бы показать в виде временных рядов на линейном графике с использованием R. У меня также есть некоторые данные об осадках, которые я хотел бы показать на том же графике, что и гистограмма. Мне удалось сделать это с помощью базовой программы R, но я бы хотел сделать это в ggplot. Я искал повсюду и знаю, что дизайнеры не слишком любят строить графики таким образом, поэтому это сложно, но я видел, как это делалось с несколькими линейными графиками / графиками разброса с использованием двух осей y. Можно ли это сделать с помощью линейного графика и гистограммы?

Вот что у меня есть в базовом R  Временной ряд транспирации

Вот данные, которые я использовал для построения графика

здесь

здесь

А вот код для сюжета выше.

 attach(summary)
library(Hmisc)
library(scales)
par(mar=c(6.5,4,4,5)+.1)
plot(summary$dates,summary$c_mean_am,type="n",ylim=c(100,350),
     main="Stomatal Conductance during experiment",las=1,cex.main=1,
     font.lab=2,font.axis=2,cex.axis=0.7,cex.lab=0.8,
     ylab=expression('Stomatal conductance'~(m~mol~ m^{2})),,xlab="Date")
lines(dates,c_mean_am,pch=21,cex=0.6,bg="blue",col="blue")
lines(dates,T1_mean_am,pch=21,cex=0.6,bg="yellow",col="yellow")
lines(dates,T2_mean_am,pch=21,cex=0.6,bg="hotpink1",col="hotpink1")
lines(dates,T3_mean_am,pch=21,cex=0.6,bg="orange",col="orange")
lines(dates,T4_mean_am,pch=21,cex=0.6,bg="red",col="red")
with (data = summary  , expr = errbar(dates, c_mean_am, 
                                      c_mean_am+c_se_am, 
                                      c_mean_am-c_se_am, 
                                      add=T, pch=21,col="blue",bg="blue",
                                      cex=0.6,cap=0.01,errbar.col="blue"))
with (data = summary  , expr = errbar(dates, T1_mean_am, 
                                      T1_mean_am+T1_se_am, 
                                      T1_mean_am-T1_se_am, add=T, 
                                      pch=21,col="yellow",bg="yellow",
                                      cex=0.6,cap=0.01,errbar.col="yellow"))
with (data = summary  , expr = errbar(dates, T2_mean_am, 
                                      T2_mean_am+T2_se_am, 
                                      T2_mean_am-T2_se_am, 
                                      add=T, pch=21,col="hotpink1",
                                      bg="hotpink1",cex=0.6,cap=0.01,
                                      errbar.col="hotpink1"))
with (data = summary  , expr = errbar(dates, T3_mean_am, 
                                      T3_mean_am+T3_se_am, 
                                      T3_mean_am-T3_se_am, 
                                      add=T, pch=21,col="orange",
                                      bg="orange",cex=0.6,cap=0.01,
                                      errbar.col="orange"))
with (data = summary  , expr = errbar(dates, T4_mean_am, 
                                      T4_mean_am+T4_se_am, 
                                      T4_mean_am-T4_se_am, add=T, 
                                      pch=21,col="red",bg="red",
                                      cex=0.6,cap=0.01,errbar.col="red"))
data2<-Rainfall
names(data2)
par(new=TRUE)
graph<-tapply(data2$`daily rainfall`,data2$DATE,I)
barplot(graph,col="light blue",border=NA,xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="",ylim=c(0,150))
axis(4,las="1",cex.axis=0.7,font.axis=2)
mtext("Rainfall (mm)",side=4,line=3,font=2,cex=0.8)

Вот график временных рядов ggplot и те же данные в слегка другой формат.

ggplot

А вот код

dt<-am_means
attach(dt)
dt$dates <- as.Date(dt$dates,format = "%d/%m/%y")
sp<-ggplot(dt,aes(x=dates,y=cond,colour=Treatment,group=Treatment))+geom_errorbar
(aes(ymin=cond-err,ymax=cond+err),width=0.5,size=0.5)+geom_line()+geom_point()+scale_x_date
(date_breaks = "2 weeks",date_minor_breaks = "1 week",date_labels = "%b %d")

sp2<-sp + scale_color_manual(breaks = c("Control", "T1","T2","T3","T4"),
values=c("blue", "yellow","hotpink1","orange","red"))

print(sp2 +ylim(100, 350)+labs(title= "Stomatal Conductance - Tamata Maples", 
y=expression(Conductance (m~mol~m^{-2})), x = "Date"))

Могу ли я иметь столбиковый график осадков на том же линейном графике ggplot ????


person A.Benson    schedule 19.07.2017    source источник


Ответы (2)


Как описано с хорошими примерами, здесь или здесь, начиная с ggplot2 версии 2.2.0, можно добавить вторичная ось.

Можно было попробовать это:

Подготовьте предоставленные данные для ggplot:

# Read data from OP's DropBox links
am_means <- read.csv("https://www.dropbox.com/s/z4dl0jfslhqccb8/am_means.csv?dl=1")
rainfall <- read.csv("https://www.dropbox.com/s/vkv9vm5o93ttk1i/Rainfall.csv?dl=1")

am_means$dates <- as.Date(am_means$dates, format = "%d/%m/%Y")
rainfall$DATE <- as.Date(rainfall$DATE,format = "%d/%m/%Y")

# join the two tables
my_data_all <- merge(x = am_means,
                     y = rainfall,
                     by.x = "dates",
                     by.y = "DATE",
                     all = TRUE)

# use data between desired date interval (rainfall had some extra dates)
require(data.table)
setDT(my_data_all)
my_data <- my_data_all[dates %between% c("2017-01-31", "2017-04-06")]

График со вторичной осью OY:

Важно преобразовать данные, отображаемые во 2-м OY (правая сторона). Поскольку максимальное значение примерно в 2 раза меньше, чем значение данных из первой оси OY (левая сторона), можно умножить на 2.

my_factor <- 2
my_plot <- ggplot(my_data, 
                  aes(x = dates,
                      group = Treatment)) +
    geom_errorbar(aes(ymin = cond - err,
                      ymax = cond + err,
                      colour = Treatment),
                  width = 0.5,
                  size  = 0.5) +
    geom_line(aes(y = cond, colour = Treatment)) + 
    geom_point(aes(y = cond, colour = Treatment)) +
    # here the factor is applied 
    geom_bar(aes(y = daily.rainfall * my_factor), 
             fill = "light blue",
             stat = "identity")
my_plot

введите здесь описание изображения

Добавление 2-й оси OY с scale_y_continuous. Обратите внимание на преобразование обратно. Если выше мы умножили на 2, теперь мы делим данные на 2:

my_plot <- my_plot + scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(trans = ~ . / my_factor, 
                                                            name = "Rainfall (mm)"))

Продолжает код OP

my_plot <- my_plot + scale_x_date(date_breaks = "2 weeks",
                                  date_minor_breaks = "1 week",
                                  date_labels = "%b %d") + 
    scale_color_manual(breaks = c("Control", "T1", "T2", "T3", "T4"),
                       values = c("blue", "yellow", "hotpink1", "orange", "red")) +
    labs(title = "Stomatal Conductance - Tamata Maples", 
         y = expression(Conductance (m~mol~m^{-2})), 
         x = "Date") +
    theme_bw()
my_plot

введите здесь описание изображения

Некоторые другие связанные вопросы с ответами: добавление кумулятивной кривой или объединение столбчатой ​​и линейной диаграмм.

person Valentin    schedule 07.11.2017

Несколько осей недоступны в ggplot, это выбор Хэдли Уикхема, создателя пакета. Вы просто не можете.

Источник: https://stackoverflow.com/a/3101876/8031980

person abichat    schedule 19.07.2017
comment
Это не ответ. Это комментарий. И всегда есть обходной путь. - person M--; 19.07.2017