Я не могу понять, как я могу регистрировать команды, выполняемые оболочкой. И «snakemake -p», и «snakemake -D» не показывают мне фактические запущенные команды.
Как лучше всего вести журнал команд, созданных с помощью оболочки?
Ура, Себ
Snakemake: ведение журнала команд Wrapper
Ответы (1)
Итак, в настоящее время -p действительно не распространяется на сценарии или оболочки. Однако я только что изменил это в коде, и грядущий выпуск 4.0 даст вам то, что вы хотите, с помощью snakemake -p.
Обратите внимание, что оболочки часто делают больше, чем просто выполняют одну команду оболочки. Вы можете найти весь исходный код оболочки на соответствующей странице в описании оболочки. Например, см. Здесь bwa mem: https://snakemake-wrappers.readthedocs.io/en/stable/wrappers/bwa/mem.html#code
person
Johannes Köster
schedule
18.07.2017
У меня такое ощущение, что -p больше не работает для оберток с 5.3.0? Есть идеи, как решить проблему с оберткой? Как я могу получить с его помощью доступ к созданной команде / скрипту?
- person sebio; 11.12.2018
Спасибо за сообщение. Теперь это должно быть снова исправлено в основной ветке и в следующем выпуске.
- person Johannes Köster; 12.12.2018
