Я пытаюсь запустить следующие строки кода:
tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre");
characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1);
treeWData <- treedata(tree, characterTable, sort = T);
Когда я запускал этот код на прошлой неделе, он работал. Затем я обновил все свои пакеты в рамках планового обслуживания, и теперь я получаю эту ошибку:
Ошибка в integer(max(oldnodes)) : размер вектора не может быть бесконечным Кроме того: Предупреждающее сообщение: In max(oldnodes): нет непропущенных аргументов для max; возвращение -Inf
Я пытался вернуться к предыдущим версиям R (в настоящее время я использую R версии 3.4.0 в RStudio 1.0.143; geiger — версия 2.0.6), считывая дерево как Newick и пробуя другие файлы дерева, всегда приводит к одной и той же ошибке. Когда я пытаюсь использовать другие наборы данных деревьев и символов, я не получаю ошибку.
Любые идеи, что означает эта ошибка, и/или как заставить этот код работать, не выдавая эту ошибку?
