Я изучаю байесовский анализ данных. Я пытаюсь воспроизвести учебные пособия от Trond Reitan от stan, которые изначально были созданы WinBugs.
В частности, у меня есть следующие данные и модель
weta.windata<-list(numdet=c(0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 0, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 1, 1,0, 0, 0, 2, 0, 2, 4, 3, 1, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 1),
numvisit=c(4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 4, 3, 3, 3, 3, 4, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 3, 3, 4, 4, 4, 3, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 4, 4,4, 4, 4, 4, 4, 4, 4 ,4, 4, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3, 3),
nsites=72)
model_string1="
data{
int nsites;
real<lower=0> numdet[nsites];
real<lower=0> numvisit[nsites];
}
parameters{
real<lower=0> p;
real<lower=0> psi;
int<lower=0> z[nsites];
}
model{
p~uniform(0,1);
psi~uniform(0,1);
for(i in 1:nsites){
z[i]~ bernoulli(psi);
p.site[i]~z[i]*p;
numdet[i]~binomial(numvisit[i],p.site[i]);
}
}
"
mcmc_samples <- stan(model_code=model_string1,
data=weta.windata,
pars=c("p","psi","z"),
chains=3, iter=30000, warmup=10000)
Контекст посвящен обнаружению ветвей на полях. Есть 72 сайта. для каждого сайта исследователи посетили несколько раз (т. е. numvisit) и записали, сколько раз было найдено WTA (т. е. numdet).
Существует скрытая переменная z, описывающая, есть ли на одном сайте WTA или нет. psi - это вероятность того, что на одном сайте есть WETA. p - скорость обнаружения.
У меня проблема в том, что я не могу объявить z целыми числами.
parameters or transformed parameters cannot be integer or integer array; found declared type int, parameter name=z
Problem with declaration.
Однако, если я установил z как реальное, то есть
real<lower=0> z[nsites];
проблема заключается в том, что я не могу установить переменную из bernoulli как целое число ...
No matches for:
real ~ bernoulli(real)
Я новичок в Стэне. Простите меня, если этот вопрос очень глупый.