Принудительно восстановить цель

Было бы более bazel-y сделать это как второй шаг, например,

java_binary(
    name = "target1",
    ...
)

java_binary(
    name = "target2",
    ...
)

sh_binary(
    name = "deploy-targets",
    srcs = ["deploy-targets.sh"],
    data = [":target1.jar", ":target2.jar", ...],
)

Затем выполните bazel run //path/to:deploy-targets, когда захотите развернуть.

deploy-targets.sh будет выглядеть примерно так:

#!/bin/bash

for t in $(ls ws/path/to/*.jar); do
  mvn deploy:deploy-file -Dfile=$t ...
done

Действия (которые происходят во время сборки) не должны взаимодействовать с внешней средой, поэтому развертывание нарушает этот контракт. run, с другой стороны, может делать что угодно, он просто запускает бинарный файл.

Использование run также решит вашу проблему «запускать каждый раз»: Bazel не может «кэшировать» разветвление двоичного файла.