почему эта ошибка появляется, все запланированные ядра столкнулись с ошибками в пользовательском коде, связана ли она с основным процессором серверов?

Мы анализируем данные секвенирования во время фильтрации и обрезки файлов fastq, и возникла следующая ошибка. Является ли следующая ошибка следствием недоступности ядра для обработки команд?

Ошибка в colnames<-(*tmp*, value = c("cs103_R1_dada.fastq", "cs110_R1_dada.fastq", : попытка установить 'colnames' для объекта с менее чем двумя измерениями. Кроме того: Предупреждающее сообщение: В mclapply(seq_len(n) , do_one, mc.preschedule = mc.preschedule, : все запланированные ядра обнаружили ошибки в пользовательском коде >


mclapply
person rahul    schedule 18.06.2017    source источник
comment
Я только что решил свой аналогичный вопрос, все запланированные ядра столкнулись с ошибками в пользовательском коде. После некоторого расследования я обнаружил ошибку в моей функции mclapply. Это сообщение об ошибке исчезло после того, как я исправил ошибку кода. Итак, я предлагаю вам внимательно проверить свой код.   -  person pengchy    schedule 26.07.2017

Ответы (5)


arrow_upward
2
arrow_downward

Как предположил pengchy, возможно, что-то не так с функцией. попробуйте тот же вызов, используя lapply, и сообщение об ошибке будет более информативным.

person f2003596    schedule 19.10.2018

arrow_upward
2
arrow_downward

Преобразуйте mclapply в lapply, после чего вы получите более информативное сообщение об ошибке. Устраните проблему, а затем верните ее обратно mclapply.

person Naeem Khoshnevis    schedule 24.03.2021

arrow_upward
1
arrow_downward

Чтобы уточнить, что сказали @f2003596 и @HelloWorld: это просто означает, что произошел сбой в вызванной вами функции, то есть во время выполнения этой функции. Но это не обязательно означает, что ваша функция неверна. Например, вы получаете ту же ошибку, когда переменная не найдена.

person MacOS    schedule 27.08.2020

arrow_upward
0
arrow_downward

Это будет означать, что у вашей функции R произошел сбой.

person SmallChess    schedule 18.02.2019

arrow_upward
0
arrow_downward

Примечание. Если вы включите неожиданный аргумент в mclapply, вы также можете получить это сообщение об ошибке. Я по ошибке поставил mC.cores вместо mc.cores и у меня получилось.

person vdebuen    schedule 19.01.2021