Есть ли в Trimmomatic значения по умолчанию для скользящего окна?

Если я дам команду для AVGQUAL:20 без скользящего окна, будут ли установлены какие-либо значения по умолчанию для скользящего окна?


command-line-interface bioinformatics sequencing
person Vaisakh Viswanath    schedule 15.06.2017    source источник
comment
Я просмотрел исходный код Java и не увидел очевидных значений по умолчанию, но вам, вероятно, придется попросить авторов получить подтвержденный ответ.   -  person nbryans    schedule 15.06.2017
comment
Спасибо @nbryans, я также просмотрел статью, и там также не упоминаются значения по умолчанию.   -  person Vaisakh Viswanath    schedule 15.06.2017

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Если вы проверите веб-сайт trimmmomatic http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic , вы найдете руководство там.

В руководстве для AVGQUAL написано: AVGQUAL: Drop the read if the average quality is below the specified level

Следовательно, окно не требуется, так как на этом шаге суммируются все качества, делится по длине и проверяется, достигнут ли порог или нет, а затем отбрасывается или сохраняется чтение.

person mjoppich    schedule 16.06.2017