Нет цвета границы на карте в R

Вы можете редактировать цвета границ индивидуально для каждой ячейки, что может быть использовано для решения этой проблемы. Точное решение будет зависеть от точного состава вашего объекта pheatmap.

Во-первых, получите имена гробов (графических объектов), хранящихся в вашей тепловой карте. Вам нужно будет взять тот, который соответствует отдельным прямоугольникам (ячейкам) тепловой карты. Для меня это первый гроб класса gTree, но попробуйте и посмотрите, какой из них подойдет вам. Вот как я извлекаю имя гроба:

grob_classes <- purrr::map(pheatmapM$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]

Затем нам нужно найти прямоугольный гроб, который является дочерним элементом gTree гроба, который мы только что нашли, например:

grob_names <- names(pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

Теперь из этого вложенного гроба можно извлечь графические параметры: fill (определяет фактический цвет заливки каждой ячейки) и col (определяет цвет границы). По умолчанию col — это одно значение, тогда как fill — это матрица шестнадцатеричных кодов. Когда я заменяю col тем, что хранится в fill, вот так...

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill

... это равносильно устранению границы, поскольку теперь она того же цвета, что и заливка. Чтобы убедиться, что между ячейками не осталось промежутков, также увеличьте толщину границы.

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

По моему мнению, потенциальные проблемы могут возникнуть с определением правильного idx_grob или idx_rect в вашем конкретном pheatmap. По этой причине я включил воспроизводимый пример (с R 4.0.3 и pheatmap 1.0.12, работающими в macOS), который достигает желаемого результата (без границ и пробелов между ячейками), который вы можете использовать для начала:

set.seed(1)

## Generate sample data
x <- table(round(rnorm(500, 100, 2)), round(rnorm(500, 100, 2)))
ph <- pheatmap::pheatmap(x, cluster_cols = FALSE, cluster_rows = FALSE)

## Extract the right grob
grob_classes <- purrr::map(ph$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
grob_names <- names(ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

## Remove borders around cells
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

## Plot result
graphics::plot.new()
print(ph)

Результат должен выглядеть так: