Установить цветовой диапазон в pheatmap

Я новичок в R и начал использовать pheatmap для визуализации двукратных изменений экспрессии генов в обработанных и контрольных клетках. По умолчанию pheatmap устанавливает верхний предел цветового ключа на 6 и нижний предел на -2. Есть ли способ назначить цвета таким образом, чтобы все значения выше 4 присваивались максимальной интенсивности красного, значения ниже -1 назначались максимальной интенсивности синего, а значения между ними назначались цветам различной интенсивности?

Это код, который я использовал:

pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE)

Я хотел бы использовать в качестве цветов:

colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))

person DP_LMU    schedule 04.05.2017    source источник
comment
Я пробовал использовать аргумент перерывов. Однако значения, выходящие за пределы указанного диапазона, отображаются как белые, а не красные или синие.   -  person DP_LMU    schedule 05.05.2017


Ответы (1)


person    schedule
comment
Добро пожаловать в Stack Overflow! Благодарим вас за этот фрагмент кода, который может оказать немедленную помощь. Правильное объяснение значительно повысило бы его образовательную ценность, показав почему это хорошее решение проблемы, и сделает его более полезным для будущих читателей с похожими, но не идентичными вопросами. Пожалуйста, отредактируйте свой ответ, чтобы добавить пояснения и указать, какие ограничения и предположения применяются. - person Toby Speight; 01.06.2017