Python 3.4 аварийно завершает работу при создании некоторых, но не всех карт картографии с ошибкой сегментации 11

Наконец-то удалось добиться некоторого прогресса, поэтому я резюмирую свое решение. Возможно, он не решит все проблемы, но он устранил проблему, которая у меня была изначально.

Я разместил проблему на странице Cartopy GitHub (https://github.com/SciTools/cartopy/issues/879), где QuLogic предложил решение, чтобы остановить ошибку сегментации, переустановив shapely, используя:

    pip uninstall shapely; pip install --no-binary :all: shapely

Это действительно остановило ошибку сегментации 11, но при запуске «проблемного» кода возникла ошибка, предполагающая, что geos_c не может быть найден, хотя он присутствует. Точная ошибка была:

OSError: не удалось найти библиотеку geos_c или загрузить какой-либо из ее вариантов ['/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/Current/GEOS', '/opt/local/lib/libgeos_c.dylib'].

Кажется, что код настаивал на том, чтобы искать эту библиотеку в заранее определенном месте и отказывался искать места, где fink установил библиотеку, хотя я добавил это местоположение в свой файл .bash_profile. Решением было создать символическую ссылку в этом заранее определенном месте, которая указала бы на установленную библиотеку fink. Надеюсь, это имеет смысл. (См. Джейса Браунинга на странице OSError geos_c может не обнаруживается при установке Shapely).

Итак, вот краткое изложение всего моего решения, на случай, если оно поможет кому-то другому. Любые предложения по улучшению будут приветствоваться.

1. Для записи, моя установка - это стандартная (не администраторская) учетная запись в Mac OS 10.11.6 (El Capitan), работающая на iMac. Однако при необходимости у меня также есть доступ к учетной записи администратора.

2. Установлена ​​версия Python 3.6 с помощью установщика, представленного на python.org.

3. Как администратор, использовал fink для установки gdal2, gdal2-dev, libproj9, libgeos3.6.1. (Также использовал fink для установки версии python3.6, gdal-py36, freetype, freetype219, cairo, gsl, sqlite3 и libspatialite7, но не уверен, что эти пакеты абсолютно необходимы.)

4. Python 3.6 был установлен в /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3.6. Создал виртуальную среду (названную venv36), используя -m venv следующим образом:

В командной строке:

    $ mkdir <name_of_directory_for_virtual_env>
    $ cd <name_of_directory_for_virtual_env>
    $ /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3.6 -m venv venv36

5. В учетной записи пользователя использовал nano для редактирования файла .bash_profile, чтобы включить пути к местам, где fink установлен libgeos3.6.1:

В командной строке:

    $ cd
    $ nano .bash_profile

Добавлены следующие строки в файл .bash_profile и сохранены (ctrl - O):

    GEOS_CONFIG="/sw/opt/libgeos3.6.1/bin/geos-config"; export GEOS_CONFIG
    GEOS_DIR="/sw/opt/libgeos3.6.1"; export GEOS_DIR

6. Активировал виртуальную среду и pip установил необходимые пакеты. Пакеты pandas и jupyter необязательны, но почему бы вам не установить их?

В командной строке:

    $ cd <path_to_virtual_environment>
    $ source venv36/bin/activate
    
    (venv36) $ pip install cython
    (venv36) $ pip install numpy
    (venv36) $ pip install --no-binary :all: shapely
    (venv36) $ pip install pyshp
    (venv36) $ pip install pyproj
    (venv36) $ pip install six
    (venv36) $ pip install matplotlib
    
    (venv36) $ export CPLUS_INCLUDE_PATH=/sw/include/gdal2/
    (venv36) $ export C_INCLUDE_PATH=/sw/include/gdal2/
    (venv36) $ pip install gdal
    (venv36) $ pip install pillow
    (venv36) $ pip install pyepsg
    (venv36) $ pip install scipy
    (venv36) $ pip install OWSLib
    (venv36) $ pip install mock nose pep8
    (venv36) $ pip install pandas
    (venv36) $ pip install jupyter
    
    (venv36) $ pip install --global-option=build_ext --global-option="-I/sw/opt/libgeos3.6.1/include" --global-option="-L/sw/opt/libgeos3.6.1/lib"  cartopy

7. Наконец, добавлена ​​символическая ссылка в / opt / local / lib / (где cartopy - или какой-либо другой пакет - настаивает на поиске libgeos), которая указывает на библиотеку libgeos, установленную fink (называемую libgeos_c.1.dylib). Может потребоваться создать путь / opt / local / lib (или его части), если он еще не существует.

Затем в командной строке:

    $ cd /opt/local/lib
    $ sudo ln -s /sw/opt/libgeos3.6.1/lib/libgeos_c.1.dylib libgeos_c.dylib

Вот и все. В активированной виртуальной среде откройте jupyter-notebook. Если вы хотите, чтобы карты были нарисованы в блокноте, убедитесь, что первая строка содержит следующее:

%matplotlib inline

Затем добавьте в следующую ячейку следующее:

import cartopy
import matplotlib.pyplot as plt

ax = plt.axes(projection=cartopy.crs.PlateCarree())

ax.add_feature(cartopy.feature.LAND)
ax.add_feature(cartopy.feature.OCEAN)
ax.add_feature(cartopy.feature.COASTLINE)
ax.add_feature(cartopy.feature.BORDERS, linestyle=':')
ax.add_feature(cartopy.feature.LAKES, alpha=0.5)
ax.add_feature(cartopy.feature.RIVERS)

ax.set_extent([-20, 60, -40, 40])

plt.show()

Когда код запускается, он, скорее всего, выдаст предупреждение (Failed CDLL(/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/Current/GEOS)), но, надеюсь, он все равно должен выдать следующее изображение:

Итак, это все. Надеюсь, это поможет. Будем признательны за любые комментарии или предложения по улучшению.

Я запишу здесь свой опыт решения этой проблемы, надеюсь, что это кому-то поможет.

Как мне удалось установить Cartopy на MacOS:

У меня MacOS 10.12.6, использую virtualenv с Python 3.7.0 (поэтому я не использую conda).

1. Следуя требованиям, установите необходимые библиотеки Python, если у вас их еще нет. :

   pip install numpy  
   pip install Cython  
   pip install --no-binary :all: shapely  
   pip install pyshp  
   pip install six  
   

   Получение следующих версий в моем случае:

   numpy==1.15.3
   Cython==0.29
   Shapely==1.6.4.post2
   pyshp==2.0.1
   six==1.11.0
   

2. Также я brew установил:

   brew install proj  
   brew install geos
   

   Получение версий:

   proj --> Rel. 5.2.0, September 15th, 2018
   geos-config --version --> 3.7.0
   

   Также добавьте export GEOS_DIR=/usr/local/Cellar/geos/3.7.0/ к моему ~/.bash_profile.

3. Наконец, pip установите Cartopy:

   pip install Cartopy
   Cartopy==0.17.0
   

Итак, в принципе, brew установки geos должно быть достаточно (в нескольких местах я читал о Kyng Chaos, что тоже должно подойти). Судя по всему, пробка для меня была

pip install --no-binary :all: shapely

Какое этому объяснение?

Проверка инструкций по установке Shapely:

Если вы хотите собрать Shapely из исходного кода для совместимости с другими модулями, зависящими от GEOS (такими как cartopy или osgeo.ogr), или хотите использовать версию GEOS, отличную от той, которая включена в колеса проекта вы должны сначала установить в своей системе библиотеку GEOS, Cython и Numpy (используя apt, yum, brew или другие средства), а затем указать pip, чтобы игнорировать двоичные колеса.

Заключение: я считаю, что это должно быть включено в Cartopy инструкции по установке для пользователей Mac.

Как упоминалось выше user1718097, существует issue в Cartopy репозитории GitHub с этой информацией.