Есть ли библиотека Java для записи файлов слоев?

Если вы хотите писать только файлы ply, я бы посоветовал написать свой собственный код. формат довольно простой. Так что вы, вероятно, будете быстрее писать его самостоятельно.

Вот введение, с которого можно начать:

http://local.wasp.uwa.edu.au/~pbourke/dataformats/ply/

Ниже приведена упрощенная версия фрагмента кода PLY Writer, который вы можете изменить в соответствии со своими потребностями.

        fos = new FileOutputStream(file);
        Writer writer= new OutputStreamWriter(fos, "UTF8");
        writer.write("ply\n");
        writer.write("format ");
        writer.write(isBinary() ? "binary_big_endian" : "ascii");
        writer.write(" 1.0\n");
        BufferedReader r=new BufferedReader(new StringReader(comment));
        String commentLine;
        while ((commentLine=r.readLine())!=null) {
            writer.write("comment ");
            writer.write(commentLine);
            writer.write('\n');
        }
        // lat,lon,alt as example
        writer.write("element vertex 3\n");
        writer.write("property double x\n");
        writer.write("property double y\n");
        writer.write("property double z\n");
        //writer.write("element face 0\n"); // no element like faces
        //writer.write("property list uchar int vertex_indices\n");
        writer.write("end_header\n");
        writer.flush();
        DataOutputStream dos=new DataOutputStream(fos);
        dos.writeDouble(x);
        dos.writeDouble(y);
        dos.writeDouble(z);
        dos.close();

    }