У меня есть этот код, который я хочу сделать параллельным, но не могу заставить его работать. Идея состоит в том, что для каждого значения chr, snp_sel (geno_data, k, bl) возвращает мне матрицу из k столбцов, эти столбцы впоследствии записываются один за другим в файл. Как я могу% dopar% этого цикла?
foreach(chr=1:length(chrs_raw)) %dopar%
{
start = Sys.time()
print(start)
print(chr)
# get .raw file name + path
rawfile = paste(RAWfolder, chrs_raw[chr],sep="/")
# get .bim file name + path
bimfile = paste(RAWfolder, chrs_bim[chr],sep="/")
# Read in genetype data in raw format
geno_data = fread(rawfile, data.table=FALSE, showProgress = FALSE)
# Remove first 7 columns
geno_data = as.matrix(geno_data[,c(7:ncol(geno_data))])
# Apply LD subsetting function Lubke et al 2012
LDsubset = snp_sel(geno_data,k, bl)
rm(geno_data)
snp_data = fread(bimfile, data.table=FALSE, showProgress = FALSE)
for(subsets in 1:ncol(LDsubset))
{
dataout = snp_data[LDsubset[,subsets][LDsubset[,subsets] != 0],2]
outfile = paste(gsub(".bim","",basename(chrs_bim[chr])), "S",subsets, sep="")
pathout = paste("folderOut/Data/Subsets/",outfile, sep="")
write.table(dataout, pathout, col.names=FALSE, row.names=F)
}
rm(snp_data); rm(LDsubset)
stop = Sys.time()
print(stop-start)
}