mysqli использует гораздо больше памяти, чем mysql, исчерпывает memory_limit

Я пытаюсь обновить старое приложение, которое в настоящее время все еще использует функции mysql. К сожалению, с mysqli приложению не хватает памяти в тех случаях, когда mysql этого никогда не было (и, честно говоря, не должно). С mysql процесс достигает, может быть, 50 МБ, что предполагает, что он выделяет 8-15 МБ сверх размера незанятого набора. С mysqli он исчерпал лимит (128) и даже достиг 256 МБ без мигания (просто загружая индексную страницу). Что-то не так. Я получаю эту ошибку, когда переключаюсь на mysqli:

Фатальная ошибка: исчерпан разрешенный объем памяти 134217728 байт (попытался выделить 9072253 байта)

Количество байтов, которое «пытается выделить», меняется каждый раз, оно непостоянно. В приложении есть класс абстракции, поэтому я начал с того, что выпотрошил его и заменил вызовы экземпляром mysqli (ООП, а не процедурный). Переписывание всех запросов займет много времени и сейчас нецелесообразно с точки зрения ресурсов. У меня установлен mysqlnd. В настоящее время это PHP 5.6.30.

Код сильно изменился из-за устранения неполадок, но вот одно из воплощений метода query:

$result = $connection->query($sql);
$data = Array();
$i = 0;
while ($r = $result->fetch_assoc())
    $data[$i++] = $r;

$ret = new stdClass();
$ret ->row = isset($data[0]) ? $data[0] : Array();
$ret ->rows = $data;
$ret ->num_rows = $i;

$result->free();
unset($data);
return $ret ;

Я пробовал использовать MYSQLI_USE_RESULT и несколько различных способов итерации/сбора результатов запроса, таких как fetch_all, присваивание ссылок, без цикла while, но ничего из этого не помогло.

Моим следующим шагом, вероятно, будет вместо этого попробовать экземпляр PDO...