Планировщик заданий PBS и «ошибка: при загрузке общих библиотек» в Ubuntu

Я установил пакет Gromacs в кластере в своем домашнем каталоге. Когда я запускаю Gromacs непосредственно из терминала, он работает; но когда я отправляю задание Gromacs в PBS, возникает следующая ошибка: «ошибка при загрузке общих библиотек: libblas.so.3: невозможно открыть общий объектный файл: такой файл или каталог не созданы». Также я экспортировал LD_LIBRARY_PATH в файл PBS (следующая строка), но ошибка все еще остается.

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/

/usr/lib64/ — это путь к libblas.so.3.

Любая помощь в устранении этой ошибки приветствуется.


permissions ubuntu-14.04 pbs
person ali    schedule 10.03.2017    source источник
comment
Запуск ldconfig исправляет это?   -  person dbeer    schedule 15.03.2017
comment
Если возможно статическое связывание, вы можете попробовать параметр cmake -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON, при необходимости с -DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS =-static в качестве обходного пути.   -  person h k    schedule 23.03.2017

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

У меня только что была очень похожая проблема после установки/компиляции LAMMPS с помощью CMake. Может быть, это будет полезно для кого-то. Попробуйте отправить задачу компиляции как задание непосредственно в кластер. Если используемый вами кластер использует систему modules, не забудьте загрузить соответствующие модули (в моем случае это были cmake и intel64).

person mad chemiker    schedule 25.10.2018