Перед использованием Cytoscape.js я использовал Cytoscape для визуализации биологических сетей.
Cytoscape может создать автоматический макет из нашего сетевого файла, используя свой внутренний алгоритм размещения. Расположение макета очень разумно - соединенные друг с другом узлы размещаются поблизости, а узлы хорошо разнесены, а центральные узлы размещены в центре каждой группы узлов, что действительно хорошо для биологических сетей, поскольку есть так много узлов и так много соединений между узлами.
Сейчас я использую Cytoscape.js. Я хочу, чтобы Cytoscape.js автоматически создавал макет, подобный тому, что создает Cytoscape. Я пытался использовать все различные варианты макета («случайный», «сетка», «cose», «круг», «в ширину»), но ни один из них не создает макета, подобного тому, что создает Cytoscape.
Я не знаю, что писать наш собственный алгоритм размещения макетов для биологических сетей (а это большое дело).
Но нам нужно использовать Cytoscape.js вместо Cytoscape, поскольку нам нужно разместить рабочий процесс молекулярной сети на веб-сайте (и визуализировать результаты сети на веб-сайте).
Итак, мой вопрос: как мы можем позволить Cytoscape.js автоматически создавать макет, подобный тому, что создает Cytoscape?
Заранее большое спасибо!
