Я пытаюсь построить heatmap вместе со строкой dendrogram, которой я манипулировал (сокращал количество ветвей), выровненной с помощью grid.draw.
Вот мои данные:
set.seed(10)
mat <- matrix(rnorm(24*10,mean=1,sd=2),nrow=24,ncol=10,dimnames=list(paste("g",1:24,sep=""),paste("my.expriment.sample",1:10,sep="")))
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(mat)))
row.ord <- order.dendrogram(dend)
mat <- matrix(mat[row.ord,],nrow=24,ncol=10,
dimnames=list(rownames(mat)[row.ord],colnames(mat)))
mat.df <- reshape2::melt(mat,value.name="expr",varnames=c("gene","sample"))
heatmap часть сюжета:
require(ggplot2)
map.plot <- ggplot(mat.df,aes(x=sample,y=gene)) + geom_tile(aes(fill=expr)) +
scale_fill_gradient2("expr",high="darkred",low="darkblue") + theme_bw() +
theme(legend.key=element_blank(),legend.position="right", axis.text.y=element_blank(), axis.ticks.y=element_blank(),
panel.border=element_blank(), strip.background=element_blank(), axis.text.x=element_text(angle=45,hjust=1,vjust=1),
legend.text=element_text(size=5), legend.title=element_text(size=8), legend.key.size=unit(0.4,"cm"))
Который дает:
Обратите внимание на длинные метки столбцов — это похоже на то, что у меня есть на самом деле.
Вот как я манипулирую и рисую dendrogram:
depth.cutoff <- 11
dend <- cut(dend,h=depth.cutoff)$upper
require(dendextend)
gg.dend <- as.ggdend(dend)
#change vertical segments that lead to leaves
distinctColors <- function(n) {
if (n <= 8) {
res <- brewer.pal(n, "Set2")
} else {
res <- hcl(h=seq(0,(n-1)/(n),length=n)*360,c=100,l=65,fixup=TRUE)
}
}
cluster.cols <- distinctColors(nrow(gg.dend$labels))
leaf.heights <- dplyr::filter(gg.dend$nodes,!is.na(leaf))$height
leaf.seqments.idx <- which(gg.dend$segments$yend %in% leaf.heights)
gg.dend$segments$yend[leaf.seqments.idx] <- max(gg.dend$segments$yend[leaf.seqments.idx])
gg.dend$segments$col[leaf.seqments.idx] <- cluster.cols
#change labels
gg.dend$labels$label <- 1:nrow(gg.dend$labels)
gg.dend$labels$y <- max(gg.dend$segments$yend[leaf.seqments.idx])
gg.dend$labels$x <- gg.dend$segments$x[leaf.seqments.idx]
gg.dend$labels$col <- cluster.cols
dend.plot <- ggplot(gg.dend,labels=F)+scale_y_reverse()+coord_flip()+annotate("text",size=10,hjust=0,x=gg.dend$label$x,y=gg.dend$label$y,label=gg.dend$label$label,colour=gg.dend$label$col)
который дает:
Пытаясь следовать этому примеру, я делаю:
require(gtable)
plot.grob <- ggplotGrob(dend.plot)
plot.grob <- gtable_add_cols(plot.grob,unit(1,"cm"))
plot.grob <- gtable_add_grob(plot.grob,ggplotGrob(map.plot),t=1,l=ncol(plot.grob),b=1,r=ncol(plot.grob))
grid.newpage()
grid.draw(plot.grob)
Но это выходит запутанным: 
Есть идеи, как выровнять dend.plot с heatmap частью map.plot, чтобы нижняя ветвь dend.plot была выровнена по нижнему краю с heatmap, а не по нижнему краю меток столбца?
