Broom :: tidy ошибка с фреймом данных nnet :: multinom модели

Я создаю мультиномные модели, используя nnet, с моделью, подходящей для каждого города в наборе данных. Когда я пытаюсь использовать tidy с этими моделями, я получаю следующую ошибку:

Error in probs[i, -1, drop = FALSE] : subscript out of bounds

Однако, если я создаю модель для каждого города отдельно, а затем использую tidy, я не получу ошибки ни для одной из моделей. Я также могу использовать glace без ошибок.

Что могло вызвать эту ошибку?

library(broom)
library(dplyr)
library(nnet)

dfstack <- structure(list(Var1 = c(73L, 71L, 66L, 75L, 96L, 98L, 98L, 65L, 
75L, 74L, 71L, 98L, 100L, 87L, 78L, 50L, 73L, 82L, 70L, 70L, 
31L, 34L, 32L, 100L, 100L, 100L, 54L, 51L, 36L, 48L, 66L, 60L, 
59L, 72L, 76L, 90L, 85L, 76L, 55L, 53L, 42L, 54L, 54L, 10L, 34L, 
18L, 6L, 16L, 63L, 41L, 68L, 55L, 52L, 57L, 64L, 61L, 68L, 44L, 
33L, 19L, 38L, 54L, 44L, 87L, 100L, 100L, 63L, 75L, 76L, 100L, 
100L, 64L, 95L, 90L, 99L, 98L, 87L, 62L, 62L, 88L, 79L, 85L), 
    Status = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
    2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("A", 
    "B", "C"), class = "factor"), City = structure(c(3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
    3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Denver", "Miami", "NYC"), class = "factor"), 
    ID = structure(c(52L, 63L, 74L, 77L, 78L, 79L, 80L, 81L, 
    82L, 53L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 64L, 
    31L, 42L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 32L, 1L, 12L, 
    23L, 25L, 26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 2L, 3L, 4L, 5L, 65L, 66L, 
    67L, 68L, 69L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L, 39L, 40L, 6L, 
    7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 13L, 70L, 71L, 72L, 73L, 75L, 76L, 
    41L, 43L, 44L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 
    24L), .Label = c("Denver1", "Denver10", "Denver11", "Denver12", 
    "Denver13", "Denver14", "Denver15", "Denver16", "Denver17", 
    "Denver18", "Denver19", "Denver2", "Denver20", "Denver21", 
    "Denver22", "Denver23", "Denver24", "Denver25", "Denver26", 
    "Denver27", "Denver28", "Denver29", "Denver3", "Denver30", 
    "Denver4", "Denver5", "Denver6", "Denver7", "Denver8", "Denver9", 
    "Miami1", "Miami10", "Miami11", "Miami12", "Miami13", "Miami14", 
    "Miami15", "Miami16", "Miami17", "Miami18", "Miami19", "Miami2", 
    "Miami20", "Miami21", "Miami3", "Miami4", "Miami5", "Miami6", 
    "Miami7", "Miami8", "Miami9", "NYC1", "NYC10", "NYC11", "NYC12", 
    "NYC13", "NYC14", "NYC15", "NYC16", "NYC17", "NYC18", "NYC19", 
    "NYC2", "NYC20", "NYC21", "NYC22", "NYC23", "NYC24", "NYC25", 
    "NYC26", "NYC27", "NYC28", "NYC29", "NYC3", "NYC30", "NYC31", 
    "NYC4", "NYC5", "NYC6", "NYC7", "NYC8", "NYC9"), class = "factor")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -82L), .Names = c("Var1", "Status", "City", "ID"))

Model.List <- dfstack %>% group_by(City) %>% do(modfits = multinom(Status~Var1, data=.))
tidy(Model.List, modfits) # produces error
glance(Model.List, modfits) # no error

# no error when each city on its own
df1 <- dfstack %>% filter(City == "NYC") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.))
tidy(df1, modfit1)

df2 <- dfstack %>% filter(City == "Miami") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.))
tidy(df2, modfit1)

df3 <- dfstack %>% filter(City == "Denver") %>% do(modfit1 = multinom(Status~Var1, data=.))
tidy(df3, modfit1)

r dplyr broom nnet
person nofunsally    schedule 16.12.2016    source источник
comment
Я просто запустил его в консоли r и с RStudio и получил ту же ошибку в любом   -  person nofunsally    schedule 16.12.2016
comment
Могу точно сказать, что это характерно для multinom. Не уверен, может ли это быть связано с тем, что ваша 3-я модель мультинома не сходилась.   -  person Hack-R    schedule 16.12.2016
comment
Да, я пробовал это с lm (Var ~ Status), и он отлично работает. Также summary(Model.List$modfits[[1]]) выдает ошибку, поэтому я не думаю, что это напрямую связано с tidy.   -  person Bishops_Guest    schedule 16.12.2016
comment
Model.List <- dfstack %>% group_by(City) %>% do(modfits = multinom(Status~Var1, maxit = 200, data=.)) Увеличение числа итераций приводит к сходимости, но по-прежнему вызывает ошибку.   -  person nofunsally    schedule 16.12.2016

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Не просите меня объяснять почему, но я понял это.

tidy.multinom вызывает summary.multinom, который вызывает vcov.multinom, который вызывает multinomHess. Ошибка генерировалась в multinomHess, который запускается только в том случае, если матрица Гессе не сгенерирована в исходном вызове multinom. То есть вам не обязательно тратить время на вычисление матрицы Гессе, если вы не собираетесь использовать объект summary.

По какой-то причине, когда объекты multinom формируются в вызове do, summary.multinom не может вычислить матрицу Гессе. Это можно обойти, вызвав multinom с Hess = TRUE. См. ниже:

Model.List <- 
  dfstack %>% 
  group_by(City) %>% 
  do(modfits = multinom(Status~Var1, 
                        data=., 
                        Hess = TRUE))
tidy(Model.List, modfits) 
glance(Model.List, modfits)

В исходном коде glance не генерировал ошибку, потому что glance.multinom не полагается на summary.multinom.

person Benjamin    schedule 16.12.2016
comment
Это сводило меня с ума, и я не знаю, смог бы я когда-нибудь разобраться в этом самостоятельно. Спасибо! - person David C; 16.04.2020