Принимаются ли переменные со случайным эффектом автоматически в качестве факторов lmer (или lme) в R?

Я понимаю, что наличие непрерывной или числовой переменной в качестве случайного эффекта в модели смешанных эффектов не имеет особого смысла (например, см. здесь) .

Но мне интересно, если lme4::lmer или nlme::lme в R намеренно не позволяют вам это сделать...

В частности, я спрашиваю: если я задаю lmer (или lme) любую нефакторную (некатегориальную) переменную в качестве случайного эффекта, обрабатывает ли функция ее автоматически как фактор?

Вставка factor() непосредственно в lmer (как это обычно делается при использовании lm) приводит к следующей ошибке:

lmer(y ~ z + (1|factor(x)), data = dat)
Error: couldn't evaluate grouping factor factor(x) within model frame: try adding grouping factor to data frame explicitly if possible

Хотя в приведенной выше ошибке упоминается добавление фактора группировки непосредственно к данным, в ней не указано, должен ли указанный фактор группировки должен быть фактором (или это, возможно, подразумевается из выбора слова)?

Я понимаю, что довольно просто просто создать новую переменную класса факторов непосредственно из моих данных, но мне просто любопытно, действительно ли это необходимо при использовании lmer (или lme).


r categorical-data lme4 mixed-models nlme
person theforestecologist    schedule 10.10.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
5
arrow_downward

Кажется, это не имеет значения.

library(lme4)

sl <- sleepstudy
sl$Subject <- as.numeric(levels(sl$Subject))[sl$Subject]

## subject as factor
m1 <- lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject), data = sleepstudy)

## subject as numeric
m2 <- update(m1, data = sl)

all.equal(VarCorr(m1), VarCorr(m2))
# TRUE

Проверяя остальную часть объекта, вызов отличается (что имеет смысл, я назвал фрейм данных как-то по-другому), и фрейм отличается (из-за разницы в числовом и факторном значениях в Subject). Все остальное идентично.

all.equal(m1, m2)
#[1] "Attributes: < Component “call”: target, current do not match when deparsed >"     
#[2] "Attributes: < Component “frame”: Component “Subject”: 'current' is not a factor >"

Факторы группировки подвергаются factorize() в пределах mkBlist(), т.е. вызывается внутри mkReTrms(), который создает матрицу модели для случайные эффекты. factorize() — это помощник, который в конечном итоге вызывает factor(x) в правой части формулы случайных эффектов (в зависимости от того, является ли он уже фактором и т. д.)

person alexforrence    schedule 10.10.2016
comment
Спасибо за ответ! Это немного поверхностный ответ (отвечая на вопрос, выделенный жирным шрифтом, функция автоматически рассматривает его как фактор? Вместо почему вызов функции в RE-части формулы не работает). Это не то, что я понимаю достаточно хорошо, чтобы комментировать, не могли бы вы добавить ответ об этом? - person alexforrence; 10.10.2016
comment
@alexforrence спасибо, Алекс, это полезно. Где/как именно вы определили свой последний абзац (факторы группировки... и т. д.)? - person theforestecologist; 10.10.2016
comment
@theforestecologist обычно из источника на github.com/lme4/lme4/blob /master/R/utilities.R, есть ли какой-то конкретный бит, который не имеет смысла? - person alexforrence; 10.10.2016
comment
@alexforrence Нет, я просто не знал, как это сделать самостоятельно :p. - person theforestecologist; 10.10.2016