Проблемы со сценариями отправки суперкомпьютера для запуска NetLogo

У меня возникли трудности с запуском моей модели netlogo на суперкомпьютере. Я пытаюсь следовать совету, данному здесь и здесь. Но не повезло. Я думаю, что он не находит некоторые из необходимых банок? Вся папка v5.3.1 находится по адресу:

/users/PAS1038/xxmyusernamexx/netlogo/netlogo-5.3.1/, и я добавил расширение rnd в папку app/.

Это мой сценарий отправки:

#PBS -N testjob
#PBS -l walltime=00:30:00
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -j oe
cd /users/PAS1038/xxmyusernamexx/netlogo/netlogo-5.3.1/
java -Xmx1024m -Dfile.encoding=UTF-8 -cp /users/PAS1038/xxmyusernamexx/netlogo/netlogo-5.3.1/app/NetLogo.jar \
org.nlogo.headless.Main \
--model /users/PAS1038/xxmyusername/netlogo/netlogo-5.3.1/MyModel.nlogo \
--experiment test \
--table  testoutput.csv \
--threads 8

но это дает мне следующую ошибку:

java.lang.IllegalStateException: Can't find extension: profiler/profiler.jar
    at org.nlogo.workspace.ExtensionManager.resolvePathAsURL(ExtensionManager.java:315)
    at org.nlogo.workspace.ExtensionManager.importExtension(ExtensionManager.java:153)
    at org.nlogo.compiler.StructureParser.parseImport(StructureParser.scala:459)
    at org.nlogo.compiler.StructureParser.parse(StructureParser.scala:196)
    at org.nlogo.compiler.CompilerMain$.compile(CompilerMain.scala:25)
    at org.nlogo.compiler.Compiler$.compileProgram(Compiler.scala:28)
    at org.nlogo.headless.HeadlessModelOpener.openFromMap(HeadlessModelOpener.scala:53)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.openString(HeadlessWorkspace.scala:531)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.open(HeadlessWorkspace.scala:513)
    at org.nlogo.headless.Main$.newWorkspace$1(Main.scala:19)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$runExperiment$1.apply(Main.scala:24)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$runExperiment$1.apply(Main.scala:24)
    at org.nlogo.lab.Lab$$anonfun$1.apply(Lab.scala:33)
    at org.nlogo.lab.Lab$$anonfun$1.apply(Lab.scala:33)
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.immutable.Range.foreach(Range.scala:78)
    at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.immutable.Range.map(Range.scala:46)
    at org.nlogo.lab.Lab.run(Lab.scala:33)
    at org.nlogo.headless.Main$.runExperiment(Main.scala:24)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$main$1.apply(Main.scala:14)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$main$1.apply(Main.scala:14)
    at scala.Option.foreach(Option.scala:197)
    at org.nlogo.headless.Main$.main(Main.scala:14)
    at org.nlogo.headless.Main.main(Main.scala)
Exception in thread "main" Can't find extension: profiler at position 165 in 
    at org.nlogo.api.ErrorSource.signalError(ErrorSource.scala:12)
    at org.nlogo.workspace.ExtensionManager.importExtension(ExtensionManager.java:162)
    at org.nlogo.compiler.StructureParser.parseImport(StructureParser.scala:459)
    at org.nlogo.compiler.StructureParser.parse(StructureParser.scala:196)
    at org.nlogo.compiler.CompilerMain$.compile(CompilerMain.scala:25)
    at org.nlogo.compiler.Compiler$.compileProgram(Compiler.scala:28)
    at org.nlogo.headless.HeadlessModelOpener.openFromMap(HeadlessModelOpener.scala:53)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.openString(HeadlessWorkspace.scala:531)
    at org.nlogo.headless.HeadlessWorkspace.open(HeadlessWorkspace.scala:513)
    at org.nlogo.headless.Main$.newWorkspace$1(Main.scala:19)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$runExperiment$1.apply(Main.scala:24)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$runExperiment$1.apply(Main.scala:24)
    at org.nlogo.lab.Lab$$anonfun$1.apply(Lab.scala:33)
    at org.nlogo.lab.Lab$$anonfun$1.apply(Lab.scala:33)
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.TraversableLike$$anonfun$map$1.apply(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.immutable.Range.foreach(Range.scala:78)
    at scala.collection.TraversableLike$class.map(TraversableLike.scala:233)
    at scala.collection.immutable.Range.map(Range.scala:46)
    at org.nlogo.lab.Lab.run(Lab.scala:33)
    at org.nlogo.headless.Main$.runExperiment(Main.scala:24)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$main$1.apply(Main.scala:14)
    at org.nlogo.headless.Main$$anonfun$main$1.apply(Main.scala:14)
    at scala.Option.foreach(Option.scala:197)
    at org.nlogo.headless.Main$.main(Main.scala:14)
    at org.nlogo.headless.Main.main(Main.scala)
=>> PBS: job killed: walltime 1841 exceeded limit 1800

linux java netlogo supercomputers
person Andrew Yoak    schedule 22.09.2016    source источник
comment
У меня была похожая проблема. Я решил это, скопировав папки всех расширений, которые я использую, в ту же папку, где находится мой файл модели NetLogo.   -  person nldoc    schedule 23.09.2016

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Я просмотрел ответ на вопрос. Мне нужно, чтобы все входные файлы, файл .nlogo и headless.sh находились в папке приложения. В этом случае используйте этот код:

#PBS -N runone
#PBS -l walltime=12:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
module load java/1.8.0_60
cd /users/PAS1038/myusername/netlogo/netlogo-5.3.1/app
./netlogo-headless.sh --model modelname.nlogo --experiment g --table output.csv --threads 8

Примечание. ppn=X и --threads x необходимо изменить на любое количество процессоров на узел.

person Andrew Yoak    schedule 25.09.2016