Чтение текстового файла из стандартного ввода останавливается на последней строке

В вашем коде есть несколько проблем:

• Вы не включили ни <stdio.h>, ни <ctype.h>, или, по крайней мере, не опубликовали весь исходный код.
• Вы используете feof() для проверки конца файла. Это почти никогда не бывает правильным методом, как подчеркнуто в Почему «в то время как ( !feof (файл) )» всегда неправильно?
• Вы читаете байт из потока в переменной char. Это препятствует правильному тестированию для EOF, а также приводит к неопределенному поведению для isspace(c). Измените тип на int.

Вот улучшенная версия:

#include <stdio.h>

int main(void) {
    int c;

    while ((c = getchar()) != EOF) {
        if (!isspace(c)) {
            putchar(c);
        } else {
            //remove spaces
            while ((c = getchar()) != EOF && isspace(c)) {
                continue;  // just ignore extra spaces
            }
            putchar('\n');
            if (c == EOF)
                break;
            ungetc(c, stdin);
        }
    }
    return 0;
}

Хотя ваш метод с ungetc() функционально корректен, было бы лучше использовать вспомогательную переменную таким образом:

#include <stdio.h>
#include <ctype.h>

int main(void) {
    int c, last;

    for (last = '\n'; ((c = getchar()) != EOF; last = c) {
        if (!isspace(c)) {
            putchar(c);
        } else
        if (!isspace(last))
            putchar('\n');
        }
    }
    return 0;
}