Я столкнулся с той же проблемой, что и в этой ветке. Когда я создаю документацию Sphinx с помощью make html, я получаю много подобных предупреждений.
None:None: WARNING: toctree contains reference to nonexisting document u'cars.Car.time_elapsed'
Я использую html_theme = 'sphinx_rtd_theme'. Если я изменю его на classic, я не получу предупреждений. Если я добавлю numpydoc_show_class_members = False к conf.py, то я их тоже не получу.
НО; Мне очень нравится sphinx_rtd_theme, и когда я использую classic или добавляю numpydoc_show_class_members = False, удаляется "TOC" моих методов Python, которые я предпочитаю оставить (см. красную рамку на изображении).
Документацию модуля cars составляет
.. automodule:: cars
:members:
Модуль содержит один класс Car с двумя методами. Строки документации написаны на numpydoc.
