Сохраняйте структурированные мелочи при удалении узла

При удалении узла вы фактически удаляете вместе с ним мелочи. Чтобы сохранить мелочи, вам нужно изменить ClassDeclarationSyntax вместо MethodDeclaration.

При посещении ClassDeclarationSyntax вы можете изменить класс, удалив соответствующие узлы и используя SyntaxRemoveOptions.KeepTrailingTrivia | SyntaxRemoveOptions.KeepLeadingTrivia вы сохраняете комментарии и операторы региона до и после фактического определения метода.

public class ClassDeclarationChanger : CSharpSyntaxRewriter
{
    public override SyntaxNode VisitClassDeclaration(ClassDeclarationSyntax node)
    {
        var methods = node.Members.OfType<MethodDeclarationSyntax>();
        if (methods.Any())
        {
            node = node.RemoveNodes(methods, SyntaxRemoveOptions.KeepTrailingTrivia | 
                    SyntaxRemoveOptions.KeepLeadingTrivia);
        }
        return base.VisitClassDeclaration(node);
    }
}

Если вы хотите сначала посетить дочерние узлы, вы, конечно, также можете сначала выполнить base.VisitClassDeclaration(node) и удалить узел метода только после этого.

Другой подход состоял бы в том, чтобы вернуть другое объявление. Однако вы не можете просто вернуть EmptyStatement (поскольку это приведет к исключению), но вы можете вставить новое объявление метода без содержимого:

public class SampleChanger : CSharpSyntaxRewriter
{
    public override SyntaxNode VisitMethodDeclaration(MethodDeclarationSyntax node)
    {
        // Generates a node containing only parenthesis 
        // with no identifier, no return type and no parameters
        var newNode = SyntaxFactory.MethodDeclaration(SyntaxFactory.IdentifierName(""), "");
        // Removes the parenthesis from the Parameter List 
        // and replaces them with MissingTokens
        newNode = newNode.ReplaceNode(newNode.ParameterList,
            newNode.ParameterList.WithOpenParenToken(
                SyntaxFactory.MissingToken(SyntaxKind.OpenParenToken)).
            WithCloseParenToken(SyntaxFactory.MissingToken(SyntaxKind.CloseParenToken)));
        // Returns the new method containing no content 
        // but the Leading and Trailing trivia of the previous node
        return newNode.WithLeadingTrivia(node.GetLeadingTrivia()).
            WithTrailingTrivia(node.GetTrailingTrivia());
    }
}

Этот подход, конечно, имеет недостаток, заключающийся в том, что для разных типов синтаксиса требуется определенный SyntaxNode, поэтому его повторное использование для других частей вашего кода может быть затруднено.

Я думаю, вы ищете флаг KeepExteriorTrivia Если вы проверите источник перечисления, вы увидите, что для этого предварительно скомпилирован флаг

[Flags]
public enum SyntaxRemoveOptions
{
  KeepNoTrivia = 0,
  KeepLeadingTrivia = 1,
  KeepTrailingTrivia = 2,
  KeepExteriorTrivia = KeepTrailingTrivia | KeepLeadingTrivia,
  KeepUnbalancedDirectives = 4,
  KeepDirectives = 8,
  KeepEndOfLine = 16,
  AddElasticMarker = 32,
}

Ваш вызов функции теперь будет выглядеть так:

public class ClassDeclarationChanger : CSharpSyntaxRewriter
{
    public override SyntaxNode VisitClassDeclaration(ClassDeclarationSyntax node)
    {
        var methods = node.Members.OfType<MethodDeclarationSyntax>();
        if (methods.Any())
        {
            node = node.RemoveNodes(methods, SyntaxRemoveOptions.KeepExteriorTrivia);
        }
        return base.VisitClassDeclaration(node);
    }
}