Обработка нескольких файлов медицинских изображений в формате nii в MATLAB

я пытаюсь обработать несколько изображений из папки. Существует около 200 медицинских изображений в формате .nii.

 %% setting up the folder
fileFolder = fullfile(pwd ,'\project\data_1');
files = dir(fullfile(fileFolder ,'*.nii'));
fileNames ={files.name};
%%sample 
img =load_untouch_nii('1.nii');
im =img.img;
classJ =class(im);

%%reading the files
I =load_untouch_nii(fullfile(fileFolder,fileNames{1}));
classI =class(I);
sizeI =size(I);
numImages =length(fileNames);

%% Read slices
hwaitbar =waitbar(0,'Reading nii files');

%%Read

for i =length(fileNames):-1:1
    fname =fullfile(fileFolder, fileNames{i});
    x(i) = load_untouch_nii(fname);
    y =x(i).img;
    figure; imshow(y(:,:,70),[]); %viewing the image to the check code
    **My Transformation function**
    waitbar((length(fileNames)-i+1)/length(fileNames));
end
delete(hwaitbar);

img = load_untouch_nii('xyz.nii')

загрузить изображения в struct{}, которые содержат заголовки, изображения и некоторую другую информацию. затем img.img извлечь изображение в формате 256*256*150 uint16. Мой вопрос: как только функция преобразования будет выполнена, как я могу сохранить эти изображения в отдельной папке?


matlab medical
person decipher    schedule 16.06.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Поскольку у вас есть «инструменты NIFTI и ANALYZE», вы можете сохранить файл nifti, используя:

   nii = make_nii(y, {additional arguments, check help make_nii});
   save_nii(nii, 'myfilename.nii')
person sdbonte    schedule 16.06.2016
comment
.. кажется, я применил дополнение к изображению. Могу ли я сохранить его, не снимая обивку. я пробовал эту команду save_untouch_nii(locally_deformed_image, 'newimage.nii') .. но она показывает ошибку в этой строке ... Также я должен сначала написать ее, чтобы сохранить ее после преобразования - person decipher; 16.06.2016
comment
если вы действительно изменили значения 3D-матрицы y, приведенный выше код сохранит эти изменения - person sdbonte; 17.06.2016