Я скрываю элементы диаграммы JointJS, используя следующий код
rightRect.attr('./display', 'none');
Хотя они не показаны на схеме, их все же можно подключить по ссылке.
Я использовал новый Joint.shapes.devs.Link для создания ссылки и новый Joint.shapes.devs.Model для создания прямоугольного элемента.