Как построить поверхность лёсса с помощью ggplot

У меня есть этот код, и я создаю лёссовую поверхность моего фрейма данных.

    library(gstat)
    library(sp)
    x<-c(0,55,105,165,270,65,130,155,155,225,250,295,
         30,100,110,135,160,190,230,300,30,70,105,170,
         210,245,300,0,85,175,300,15,60,90,90,140,210,
         260,270,295,5,55,55,90,100,140,190,255,285,270)
    y<-c(305,310,305,310,310,260,255,265,285,280,250,
         260,210,240,225,225,225,230,210,215,160,190,
         190,175,160,160,170,120,135,115,110,85,90,90,
         55,55,90,85,50,50,25,30,5,35,15,0,40,20,5,150)
    z<-c(870,793,755,690,800,800,730,728,710,780,804,
         855,813,762,765,740,765,760,790,820,855,812,
         773,812,827,805,840,890,820,873,875,873,865,
         841,862,908,855,850,882,910,940,915,890,880,
         870,880,960,890,860,830)

    dati<-data.frame(x,y,z)

    x.range <- as.numeric(c(min(x), max(x)))  
    y.range <- as.numeric(c(min(y), max(y)))

    meuse.loess <- loess(z ~ x * y, dati, degree=2, span = 0.25, 
                         normalize=F)
    meuse.mar <- list(x = seq(from = x.range[1], to = x.range[2], by = 1), y = seq(from = y.range[1], 
                                                                                    to = y.range[2], by = 1))
    meuse.lo <- predict(meuse.loess, newdata=expand.grid(meuse.mar), se=TRUE)

Теперь я хочу построить meuse.lo[[1]] с помощью функции ggplot2 ... но я не знаю, как преобразовать meuse.lo[[1]] в фрейм данных со столбцами x, y (координаты сетки) и z (интерполированное значение). Спасибо.


r dataframe ggplot2 loess
person Lince202    schedule 06.04.2016    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Ваша проблема здесь в том, что loess() возвращает матрицу, если вы используете grid.expand() для генерации новых данных для loess().

Это упоминается в справке для ?loess.predict:

Если новые данные были результатом вызова expand.grid, прогнозы (и s.e., если они запрошены) будут массивом соответствующих размеров.

Теперь вы все еще можете использовать grid.expand() для вычисления новых данных, но заставьте эту функцию вернуть фрейм данных и отбросить атрибуты.

От ?grid.expand:

KEEP.OUT.ATTRS: логическое указание атрибута out.attrs (см. Ниже) должно быть вычислено и возвращено.

Итак, попробуйте это:

nd <- expand.grid(meuse.mar, KEEP.OUT.ATTRS = FALSE)
meuse.lo <- predict(meuse.loess, newdata=nd, se=TRUE)

# Add the fitted data to the `nd` object
nd$z <- meuse.lo$fit

library(ggplot2)
ggplot(nd, aes(x, y, col = z)) + 
  geom_tile() +
  coord_fixed()

Результат:

введите описание изображения здесь

person Andrie    schedule 06.04.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

ggplot2, вероятно, не лучший выбор для трехмерных графиков. Однако вот простое решение с rgl

library(rgl)
plot3d(x, y, z, type="s", size=0.75, lit=FALSE,col="red")
surface3d(meuse.mar[[1]], meuse.mar[[2]], meuse.lo[[1]],
      alpha=0.4, front="lines", back="lines")
person adaien    schedule 06.04.2016