Torque PBS: указание имени файла stdout в качестве идентификационного номера задания

По умолчанию выходные данные отправленного задания в очередь Torque будут сохранены в файл с именем вроде job_name.o658392. Что я хочу сделать, используя этот пример, так это назвать выходной файл 658392.job_name.log вместо этого.

Я знаю, что могу указать имя выходного файла, написав строку #PBS -e filename в верхней части моего сценария, и даже можно использовать такие переменные, как $PBS_JOBID в имени файла. Проблема в том, что $PBS_JOBID это не просто число, а выглядит как 658392.some.very.long.host.name.

Я пытался использовать ${PBS_JOBID/.*}, который должен относиться только к числам, но проблема в том, что при этом я получаю сообщение об ошибке. Он гласит: Failed to expand destination path in data staging: /path/to/output/${PBS_JOBID/.*}.log

Знаете ли вы, как указать имя выходного файла так, чтобы это работало?


pbs qsub torque
person jonaslb    schedule 27.02.2016    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Если вы являетесь администратором, вы можете сделать это просто числовым идентификатором задания, установив

qmgr -c 'set server display_job_server_suffix = false'

Конечно, если вы измените этот параметр, вы захотите сделать это, когда у вас нет заданий в очереди.

Если вы обычный пользователь — я не проверял это, — но я считаю, что если вы добавите переменную в среду задания, вы сможете использовать эту переменную в выходном файле задания. При желании вы можете создать переменную с именем numeric_jobid и добавить ее в среду задания, а затем использовать ее в выходном файле задания. Я считаю, что вы можете иметь следующие строки в job_script:

#PBS -j oe 
#PBS -o $numeric_jobid

потом

jobid=`qsub job_script`
numeric_id=`get just the numeric id from $jobid`
qalter $jobid -v numeric_id=$numeric_id

EDIT: вы можете сохранить шаг следующим образом:

qalter -o $numeric_id.log $jobid

И я верю, что это позволит вам это сделать.

person dbeer    schedule 29.02.2016
comment
Я добавил аналогичные операторы в свой скрипт отправки (я обнаружил, что qalter может напрямую устанавливать -o и -e). Спасибо! - person jonaslb; 02.03.2016
comment
Я смущен тем, что вы можете сохранить пошаговое редактирование. Похоже, что qalter -o $numeric_id.log $jobid можно использовать вместо qalter $jobid -v numeric_id=$numeric_id, но для обеих стратегий требуется 3 строки кода. Я что-то пропустил? Спасибо. - person Josh; 28.12.2020