R-devel: объект checkCompilerOptions не найден при установке magrittr

Я установил R-devel на Ubuntu, следуя это руководство. При попытке установить magrittr с помощью install.packages("magrittr") я получаю следующее:

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

еще один вопрос о стеке поверх потока, относящийся к этой ошибке, мне не помог . Кто-нибудь может помочь?

Что я действительно пытаюсь сделать, так это установить последнюю разрабатываемую версию пакет Gviz. Для этого я должен использовать разрабатываемую версию bioconductor и R . Внизу дерева зависимостей для Gviz находится magrittr.

Моя информация о сеансе():

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0

r magrittr bioconductor
person L42    schedule 19.02.2016    source источник
comment
checkCompilerOptions похоже из пакета компилятора. Есть ли что-нибудь в вашем .Rprofile или что-то еще, что ссылается на компилятор? Вы можете попробовать добавить options(error=traceback) в свой .Rprofile, чтобы понять, какие вызовы функций приводят к ошибке.   -  person Martin Morgan    schedule 19.02.2016
comment
Спасибо за ответ. У меня вообще ничего нет в моем .Rprofile, и добавление (или использование) options(error=traceback) не привело к другому результату.   -  person L42    schedule 19.02.2016

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

У меня была такая же проблема с установкой пакета raster. Я узнал здесь, что проблема заключалась в конфликте между каталогами библиотек, экспортируемыми вторым сценарий руководства, о котором вы говорите:

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

Поэтому я удалил папки библиотеки, не связанные с моим экземпляром R-devel:

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

И это, наконец, сработало.

person rCarto    schedule 22.03.2016
comment
Спасибо за ваш ответ. Я не могу проверить это какое-то время, но если другой человек скажет, что это помогло ему (указывая, что это хорошее решение), вместо этого я приму ваш ответ! - person L42; 29.03.2016

arrow_upward
1
arrow_downward

Я смог установить Gviz! Вот что меня туда привело:

  1. Я попытался использовать devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz") для установки Gviz вместо biocLite("Gviz"). Это привело к ошибке checkCompilerOptions, но теперь с пакетом matrixStats.
  2. Я установил matrixStats, используя devtools::install_github("HenrikBengtsson/matrixStats"). Это сработало.
  3. В этот момент я снова попытался установить magrittr, используя install.packages("magrittr"). Как-то сработало!
  4. Теперь я мог установить Gviz с помощью devtools::install_github("Bioconductor-mirror/Gviz")

Я до сих пор понятия не имею об ошибке checkCompilerOptions и буду признателен за любые идеи.

person L42    schedule 19.02.2016