Как получить узлы, пропорциональные площади, в Gephi?

Gephi обладает отличной функциональностью для определения размера узлов на основе заданной переменной. Кажется, что размеры узлов таковы, что радиус круга линейно пропорционален значению переменной. Как сделать так, чтобы площадь круга была пропорциональна значению переменной?

Использование функции сплайна для получения точной пропорциональности кажется довольно сложным. Я предполагаю, что одним из решений может быть экспорт таблицы узлов, вычисление квадратного корня переменной и повторный импорт данных. Мне было интересно, не хватает ли мне более прямого решения.

Пример символов, пропорциональных радиусу, с использованием данных из руководства Мартина Гранжана


visualization data-visualization gephi
person Stefano    schedule 17.02.2016    source источник
comment
Интересный вопрос. Из любопытства, как вы узнали, что размер узла пропорционален радиусу? Мой путь состоял бы в том, чтобы вычислить другой размер с помощью Python, R или даже Cytoscape, а затем сохранить график в GraphML и загрузить в Gephi, но не непосредственно внутри Gephi.   -  person Yannis P.    schedule 18.02.2016
comment
Насчет пропорциональности: мое впечатление подтвердилось чтением разных туториалов, ну и наконец просто измерением размеров линейкой. Конечно, я бы использовал Python, R или D3js, но я пишу учебник по Gephi, так что в данном конкретном случае инструмент исправлен. Кроме того, я лично считаю, что это довольно важный вопрос. Пропорциональная опция площади/радиуса в программном обеспечении была бы отличной.   -  person Stefano    schedule 18.02.2016
comment
вы можете заменить все свои данные квадратными корнями. Тогда площадь будет пропорциональна значению   -  person Vorsprung    schedule 18.02.2016
comment
Спасибо Форспринг. Да, это то, что я предлагал во втором абзаце моего исходного поста, и я бы так и сделал. Однако это не совсем оптимально для неопытных пользователей, которые могут не знать о проблеме, поскольку она скорее скрыта, несмотря на то, что является явным нарушением принципа графической целостности. На самом деле, отредактируйте одну строку кода так, чтобы квадратный корень из любого выбранного значения извлекался перед рисованием, и это решило бы проблему в корне — возможно, сделав Gephi лучшим (хотя и без того отличным) инструментом визуализации.   -  person Stefano    schedule 18.02.2016

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Вычисление квадратного корня было бы правильным, если бы мы отображали квадраты. Но поскольку мы отображаем круги, правильная формула Excel, вероятно, будет такой:

=SQRT(*value here*/(2*PI()))
person Community    schedule 13.12.2017
comment
Я полагаю, что одним из решений может быть... вычисление квадратного корня... . Мне было интересно, не хватает ли мне более прямого решения. - person user4157124; 14.12.2017