Использование параметра qsub -v является правильным способом:

qsub -v par_name=par_value[,par_name=par_value...] script.sh

par_name может использоваться как переменная в сценарии оболочки.

В дополнение к ответу volk, чтобы ссылаться на переменные в списке (обозначенные -v), вы просто используете имя, которое вы определили в своем вызове. Итак, скажем, вы сделали вызов qsub следующим образом

qsub -v foo='qux' myRunScript.sh

Тогда myRunScript.sh может выглядеть примерно так:

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16,walltime=0:00:59
#PBS -l mem=62000mb
#PBS -m abe

bar=${foo}
echo "${bar}"

Где будет вывод

qux

Надеюсь это поможет!

Я только что понял, как это решить: просто вывести команды скрипта оболочки с эхом и передать результат в qsub:

echo "./script.sh var1=13 var2=24" | qsub

Существует лучший способ...

Я действительно удивлен тем, как долго этот вопрос оставался без хорошего ответа. Возможно, конкретная версия qsub не была указана. qsub существует по крайней мере в Torque, а также в Sun Grid Engine, возможно, в других планировщиках. Итак, важно знать, что вы используете. Я расскажу о некоторых здесь:

КРУТЯЩИЙ МОМЕНТ: qsub -F <arguments> command

справочная страница
пример того, как я обычно его использую. Начиная с этого примера сценария, который просто повторяет любые переданные ему аргументы:

$ cat testArgs.pbs
#!/usr/bin/env bash

echo $@

Я бы представил работу так:

$ qsub -F "--here are the --args" testArgs.pbs
3883919.pnap-mgt1.cm.cluster

А вот так выглядит выходной файл после запуска:

$ cat testArgs.pbs.o3883919
--here are the --args

Двигатель солнечной сети: qsub command [ command_args ]

справочная страница
Вы просто добавляете аргументы после команды, как и будет при выполнении в оболочке. У меня нигде не работает SGE, поэтому нет примера для этого. Но то же самое и со Slurm, который ниже

Слёрм: sbatch command [ command_args ]

справочная страница
Здесь я отправляю тот же скрипт, что и в приведенном выше примере Torque:

$ sbatch testArgs.sh what the heck
Submitted batch job 104331

И результаты:

$ cat slurm-104331.out
what the heck

Экспорт переменных среды != передача аргументов

Экспорт переменных среды сильно отличается от передачи аргументов команде.
Вот хорошее обсуждение различий.

Ответы qsub прежде всего рекомендуют -v. Чтобы было ясно, -v экспортирует переменные среды, -F передает аргументы в команду.

Обычно я предпочитаю параметризовать свои сценарии, допуская аргументы. На самом деле, я бы сказал, что гораздо чаще используются такие скрипты process_data.sh --threads 8, чем что-то вроде export THREADS=8; process_data.sh.